旨在研究叉头框蛋白P3基因(forkhead box protein P3,FOXP3)、促卵泡激素受体基因(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)、智力低下1基因(fragile X mental retardation 1,FMR1)的多态性,并探讨了基因多态性对母牛屡配不孕以及母牛激素水平的影响。通过PCR方法扩增基因突变位点的序列,对PCR结果进行酶切鉴定和测序峰图分析,统计三种基因的基因型。分析三种基因突变的组间差异。使用ELISA法检测两组雌激素(estrogen,E)、促卵泡激素(follicle-stimulating hormone,FSH)、催乳素(prolactin,PRL)、睾酮素(testosterone,T)、促黄体生成素(luteinizing hormone,LH)激素浓度。并将基因多态性与激素水平进行关联分析。FOXP3基因检测出3种基因型:AA、AG和GG型;FSHR基因检测出3种基因型:AA、AC和CC型;FMR1基因5'UTR端302 bp处检测到T碱基插入。卡方适应性检验结果表明,FOXP3基因g.92, 377, 635 A>G位点、FSHR基因g.31, 450, 279 A>C位点均低于哈代-温伯格平衡状态(P<0.05)。关联性分析表明,FOXP3基因G等位基因、FSHR基因C等位基因与母牛屡配不孕显著正相关性。屡配不孕组E、FSH、PRL、T激素与健康母牛组差异显著(P < 0.05)。FOXP3基因AA、GG基因型E激素浓度与AG基因型差异显著(P < 0.05);FSHR基因AA、AC基因型E激素浓度与CC基因型差异显著(P < 0.05)。FOXP3、FSHR基因在西门塔尔牛、褐牛及安格斯牛群体中具有多态性,这说明基因可能是影响母牛屡配不孕的潜在遗传因素。其中,FOXP3基因G等位基因在健康组与屡配不孕组中差异显著(P < 0.05),FSHR基因C等位基因在健康组与屡配不孕组中差异显著(P < 0.05)。FOXP3基因的g.92, 377, 635 A>G位点G等位基因与母牛患屡配不孕疾病呈显著正相关(P < 0.05,r=0.16),FSHR基因的g.31, 450, 279 A>C位点C等位基因与母牛屡配不孕具有显著正相关性(P < 0.05,r=0.14)。FOXP3以及FSHR基因的多态性位点可能作为母牛屡配不孕的标志性识别位点,可用于筛选屡配不孕母牛的潜在候选遗传标记,这需要进一步的证明。FOXP3基因G等位基因与E浓度呈弱正相关(P < 0.05,r=0.16),FMR1基因T碱基的插入与E浓度呈弱正相关(P < 0.05,r=0.187)。然而FOXP3、FSHR基因的变异如何调控母牛繁殖能力还需进一步研究证实。