川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪肠道微生物多样性差异分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2026.01.013

畜牧兽医学报 ›› 2026, Vol. 57 ›› Issue (1): 146-154.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2026.01.013

川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪肠道微生物多样性差异分析

王言¹(), 顾以韧², 张进威³^,⁴, 杨雪梅¹, 梁艳¹, 刘锐¹, 陶璇¹, 杨跃奎¹, 安瑞¹, 杨坤¹, 张兴¹, 陈晓晖¹, 龚建军¹()

^1.四川省畜牧科学研究院，畜禽种业四川省重点实验室，成都 610066
^2.西南民族大学畜牧兽医学院，成都 610041
^3.重庆市畜牧科学院，重庆 402460
^4.农业农村部养猪科学重点实验室养猪科学重庆市重点实验室，重庆 402460

收稿日期:2025-05-28 出版日期:2026-01-23 发布日期:2026-01-26
通讯作者: 龚建军 E-mail:376471617@qq.com;460616227@qq.com
作者简介:王言，助理研究员，硕士，主要从事猪遗传育种与繁殖研究，E-mail：376471617@qq.com
基金资助:
农业农村部养猪科学重点实验室开放课题(24507C);省财政运行专项(SASA2025CZYX001);现代农业产业技术体系四川生猪创新团队(SCCXTD-2025-08);国家现代农业产业技术体系(CARS-35)

Analysis of Intestinal Microbial Diversity Differences among Chuanxiang Black Pigs， Berkshire Pigs and Duroc Pigs

WANG Yan¹(), GU Yiren², ZHANG Jinwei³^,⁴, YANG Xuemei¹, LIANG Yan¹, LIU Rui¹, TAO Xuan¹, YANG Yuekui¹, AN Rui¹, YANG Kun¹, ZHANG Xing¹, CHEN Xiaohui¹, GONG Jianjun¹()

^1.Animal Genetic Breeding and Reproduction Key Laboratory of Sichuan Province，Sichuan Animal Science Academy，Chengdu 610066，China
^2.College of Animal and Veterinary Sciences of Southwest Minzu University，Chengdu 610041，China
^3.Chongqing Academy of Animal Sciences，Chongqing 402460，China
^4.Ministry of Agriculture and Rural Affairs Key Laboratory of Pig Sciences，Chongqing Key Laboratory of Pig Sciences，Chongqing 402460，China

Received:2025-05-28 Online:2026-01-23 Published:2026-01-26
Contact: GONG Jianjun E-mail:376471617@qq.com;460616227@qq.com

摘要/Abstract

摘要：

旨在通过16S rRNA测序技术和生物信息学分析手段探究川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪肠道微生物的多样性差异。川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪在体重达120 kg时进行屠宰，屠宰时采集3个猪种直肠的粪便，利用16S rRNA测序技术和生物信息学手段对不同猪种肠道微生物多样性进行分析。结果表明，巴克夏猪的菌群多样性显著低于川乡黑猪和杜洛克猪（P<0.05），3个猪种的菌群群落结构有显著差异（P<0.05）。在门水平，川乡黑猪厚壁菌门（Firmicutes）丰度显著低于巴克夏猪（P<0.05），川乡黑猪和杜洛克猪的拟杆菌门（Bacteroidota）丰度显著高于巴克夏猪（P<0.05）。在属水平，川乡黑猪和杜洛克猪的理研菌科RC9菌属丰度（Rikenellaceae RC9 gutgroup）显著高于巴克夏猪（P<0.05），川乡黑猪普雷沃氏菌属（Prevotella）、普雷沃氏菌科NK3B31菌属（Prevotellaceae NK3B31group）丰度显著高于杜洛克猪和巴克夏猪（P<0.05），杜洛克和巴克夏猪狭义梭菌属 1（Clostridium sensu stricto 1）丰度显著高于川乡黑猪（P<0.05）；LEfSe分析显示，在属水平上，川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪中分别存在14种、7种、1种差异微生物；功能预测结果显示，川乡黑猪的微生物群落中与氨基酸代谢相关的通路显著富集，巴克夏猪中与丙酮酸代谢等相关的通路显著富集，杜洛克猪中与蛋白质运输等相关的通路显著富集。综上所述，川乡黑猪、巴克夏猪和杜洛克猪的肠道微生物组成和功能存在显著差异，这些差异可能影响宿主的营养代谢、能量利用和免疫调节等功能。

关键词: 川乡黑猪, 巴克夏猪, 杜洛克猪, 16S rRNA, 微生物多样性

Abstract:

This study aimed to investigate the differences in intestinal microbial diversity among Chuanxiang Black pigs， Berkshire pigs， and Duroc pigs using 16S rRNA sequencing technology and bioinformatics analysis. When the body weight of the pigs reached 120 kg， Chuanxiang Black pigs， Berkshire pigs， and Duroc pigs were slaughtered， and rectal fecal samples were collected from each breed. The intestinal microbial diversity of the different pig breeds was then analyzed using 16S rRNA sequencing technology and bioinformatics approaches. The results demonstrated that the microbial diversity of Berkshire pigs was significantly lower than that of Chuanxiang Black pigs and Duroc pigs （P<0.05）， and the microbial community structures among the 3 pig breeds showed significant differences （P<0.05）. At the phylum level， the abundance of Firmicutes in Chuanxiang Black pigs was significantly lower than that in Berkshire pigs （P<0.05）， while the abundance of Bacteroidota in both Chuanxiang Black pigs and Duroc pigs was significantly higher than that in Berkshire pigs （P<0.05）. At the genus level， the abundance of Rikenellaceae RC9 gut group in Chuanxiang Black pigs and Duroc pigs was significantly higher than that in Berkshire pigs （P<0.05）. The abundances of Prevotella and Prevotellaceae NK3B31 group in Chuanxiang Black pigs were significantly higher than those in Duroc pigs and Berkshire pigs （P<0.05）， while the abundance of Clostridium sensu stricto 1 in both Duroc pigs and Berkshire pigs was significantly higher than that in Chuanxiang Black pigs （P<0.05）. LEfSe analysis showed that there were 14， 7， and 1 differential microorganisms in Chuanxiang Black pigs， Berkshire pigs， and Duroc pigs at the genus level， respectively. Functional prediction results showed that pathways related to amino acid metabolism were significantly enriched in the microbial community of Chuanxiang Black pigs， pathways related to pyruvate metabolism and others were significantly enriched in Berkshire pigs， and pathways related to protein transport and others were significantly enriched in Duroc pigs. In conclusion， there are significant differences in the composition and function of intestinal microbiota among Chuanxiang Black pigs， Berkshire pigs， and Duroc pigs. These differences may affect the host's nutritional metabolism， energy utilization， immune regulation， and other functions.

Key words: Chuanxiang black pigs, Berkshire pigs, Duroc pigs, 16S rRNA, microbial diversity

中图分类号:

S828.2

王言, 顾以韧, 张进威, 杨雪梅, 梁艳, 刘锐, 陶璇, 杨跃奎, 安瑞, 杨坤, 张兴, 陈晓晖, 龚建军. 川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪肠道微生物多样性差异分析[J]. 畜牧兽医学报, 2026, 57(1): 146-154.

WANG Yan, GU Yiren, ZHANG Jinwei, YANG Xuemei, LIANG Yan, LIU Rui, TAO Xuan, YANG Yuekui, AN Rui, YANG Kun, ZHANG Xing, CHEN Xiaohui, GONG Jianjun. Analysis of Intestinal Microbial Diversity Differences among Chuanxiang Black Pigs， Berkshire Pigs and Duroc Pigs[J]. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2026, 57(1): 146-154.

图/表 9

图1

图2

图3

图4

图5

图6

图7

图8

图9

参考文献 31

[1]	冯思敏.高低肌内脂肪含量杜洛克猪遗传与肠道微生物组成比较研究［D］.武汉：华中农业大学，2023.
	FENG S M.Comparision of genetic and intestinal microbiota composition between Duroc pigs with high and low intramuscular fat content［D］.Wuhan：Huazhong Agricultural University，2023.（in Chinese）
[2]	王盼，王忠刚，吴卓穗，等.改善猪肉品质的研究进展［J］.广东畜牧兽医科技，2024，49（6）：50-56.
	WANG P，WANG Z G，WU Z S，et al.Research progress on improving pork quality［J］.Guangdong Journal of Animal and Veterinary Science，2024，496）：50-56.（in Chinese
[3]	陶璇，梁艳，应三成，等.川乡黑猪杂交试验研究［J］.中国畜牧杂志，2021，57（S1）：214-217.
	TAO X，LIANG Y，YING S C，et al.Study on crossbreeding experiments of Chuanxiang Black pigs［J］.Chinese Journal of Animal Science，2021，57（S1）：214-217.（in Chinese）
[4]	孟兴缘，陈科.国内首个自主知识产权生猪父本新品种育成［N］.科技日报，2021-12-29（006）.
	MENG X Y，CHEN K.China's first new pig sire breed with independent intellectual property rights has been developed ［N］.Science and Technology Daily，2021-12-29（006）.（in Chinese）
[5]	HUANG J Q，ZHANG W J，FAN R，et al.Conposition and functional diversity of fecal bacterial community of wild boar，comercial pig and domestic native pig as revealed by 16S rRNA gene sequencing［J］.Arch Microbiol，2020，202 （4）：843-857.
[6]	YANG L N，BIAN G R，SU Y，et al.Comparison of faecal microbial community of lantang，bama，erhualian，meishan，xiaomeishan，duroc，landrace，and yorkshire sows［J］.Asian-Australas J Anim Sci，2014，27（6）：898-906.
[7]	LI C，ZHAO X Y，ZHAO G S，et al.Comparative analysis of structural composition and function of intestinal microbiota between Chinese indigenous Laiwu pigs and commercial DLY pigs［J］.Vet Sci，2023，10 （8）：524.
[8]	YANG H，XIAO Y P，WANG J J，et al.Core gut microbiota in Jinhua pigs and its correlation with strain，farm and weaning age［J］.J Microbiol，2018，56（5）：346-355.
[9]	PAJARILLO E A，CHAE J P，BALOLONG M P，et al.Characterization of the fecal microbial communities of Duroc pigs using 16S rRNA gene pyrosequencing［J］.Asian-Australas J Anim Sci，2015，28（4）：584-591.
[10]	DIAO H，YAN H L，XIAO Y，et al.Intestinal microbiota could transfer host gut characteristics from pigs to mice［J］.BMC Microbiol，2016，16（1）：238.
[11]	XIAO Y P，KONG F L，XIANG Y，et al.Comparative biogeography of the gut microbiome between Jinhua and Landrace pigs［J］.Sci Rep，2018，8（1）：5985.
[12]	BERGAMASCHI M，TIEZZI F，HOWARD J，et al.Gut microbiome composition differences among breeds impact feed efficiency in swine［J］.Microbiome，2020，8（1）：110.
[13]	CHEN S F，ZHOU Y Q，CHEN Y R，et al.fastp：an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor［J］.Bioinformatics，2018，34（17）：i884-i890.
[14]	MAGOC T，SALZBERG S L.FLASH：fast length adjustment of short reads to improve genome assemblies［J］.Bioinformatics，2011，27（21）：2957‐2963.
[15]	EDGAR R C.UPARSE：highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads［J］.Nat Methods，2013，10（10）：996‐998.
[16]	STACKEBRANDT E，GOEBEL B M.Taxonomic Note：A place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology［J］.Int J System Bacteriol，1994，44（4）：846-849.
[17]	WANG Q，GARRITY G M，TIEDJE J M，et al.Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy［J］.Appl Environ Microbiol，2007，73（16）：5261‐5267.
[18]	杨雪梅，杨跃奎，曾凯，等.川乡黑猪新品种培育［J］.中国畜禽种业，2025，21（1）：49-56.
	YANG X M，YANG Y K，ZENG K，et al.Cultivation of Chuanxiang Black pig breed［J］.The Chinese Livestock and Poultry Breeding，2025，21（1）：49-56.（in Chinese）
[19]	ZHANG S H，ZHANG H，ZHANG C，et al.Composition and evolutionary characterization of the gut microbiota in pigs［J］.Int Microbiol，2024，27（4）：993-1008.
[20]	TURNBAUGH P J，BACKHED F，FULTON L，et al.Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterations in the mouse distal gut microbiome［J］.Cell Host Microbe，2008，3（4）：213-223.
[21]	FLINT H J，SCOTT K P，DUNCAN S H，et al.Microbial degradation of complex carbohydrates in the gut［J］.Gut Microbes，2012，3（4）：289-306.
[22]	梁艳，陶璇，杨雪梅，等.川藏黑猪S05系育肥性能研究［J］.黑龙江畜牧兽医，2014，（3）：61-62，65.
	LIANG Y，TAO X，YANG X M，et al.Study on the fattening performance of the S05 line of Sichuan-Tibet black swine［J］.Heilongjiang Animal Science and Veterinary Medicine，2014，（3）：61-62，65.（in Chinese）
[23]	YU S Q，LI L X，ZHAO H Y，et al.Characterization of the dynamic changes of ruminal microbiota colonizing citrus pomace waste during rumen incubation for volatile fatty acid production［J］.Microbiol Spectrum，2023，11（2）：10.1128.
[24]	FRAMPTON J，MURPHY K G，FROST G，et al.Short-chain fatty acids as potential regulators of skeletal muscle metabolism and function［J］.Nat Metab，2020，2（9）：840-848.
[25]	杨跃奎，龚建军，陶璇，等.川藏黑猪S04系生长发育及肉质性状选育进展研究［J］.中国畜牧兽医文摘，2014，30（9）：70-71.
	YANG Y K，GONG J J，TAO X，et al.Study on the breeding progress of growth development and meat quality traits of Chuanzang Black pig S04 line［J］.Chinese Journal of Animal Husbandry and Veterinary Medicine Abstracts，2014，30（9）：70-71.（in Chinese）
[26]	张洁，张力莉，徐晓锋.反刍动物瘤胃内普雷沃氏菌的研究进展［J］.中国饲料，2020，（7）：17-21.
	ZHANG J，ZHANG L L，XU X F.Research progress on prevotella in rumen of ruminants［J］.China Feed，2020，（7）：17-21.（in Chinese）
[27]	FAN P X，LIU P，SONG P X，et al.Moderate dietary protein restriction alters the composition of gut microbiota and improves ileal barrier function in adult pig model［J］.Sci Rep，2017，7：43412.
[28]	YANG W Y，LEE Y，LU H，et al.Analysis of gut microbiota and the effect of lauric acid against necrotic enteritis in Clostridium perfringens and Eimeria side-by-side challenge model［J］.PLoS One，2019，14（5）：e0205784.
[29]	MA X Y，YU M，LIU Z C，et al.Effect of amino acids and their derivatives on meat quality of finishing pigs［J］.J Food Sci Technol，2020，57（2）：404-412.
[30]	TIAN W C，YANG L，LIU Y S，et al.Resveratrol attenuates doxorubicin-induced cardiotoxicity in rats by up-regulation of vascular endothelial growth factor B［J］.J Nutr Biochem，2020，79：108132.
[31]	赵敏孟.胚蛋注射丙酮酸肌酸调控肉鸡能量代谢和肌肉发育的作用机理研究［D］.南京：南京农业大学，2017.
	ZHAO M M.Regulatory mechanism of in ovo feeding of creatine pyruvate on energy metabolism and muscle development of broiler chichens ［D］.Nanjing：Nanjing Agricultural University，2017.（in Chinese）

川乡黑猪、巴克夏猪、杜洛克猪肠道微生物多样性差异分析

Analysis of Intestinal Microbial Diversity Differences among Chuanxiang Black Pigs， Berkshire Pigs and Duroc Pigs

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

图/表 9

参考文献 31

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	舒静超, 张菡, 彭志锋, 乔宏兴. 猪源致病性格氏乳球菌的分离鉴定及毒力基因分析[J]. 畜牧兽医学报, 2025, 56(7): 3399-3407.
[2]	楚翼健, 崔久增, 李增开, 张磊, 褚婷婷, 黄艳平, 宋宇轩. 绵羊子宫内膜容受前期与容受期的阴道微生物比较研究[J]. 畜牧兽医学报, 2025, 56(2): 689-699.
[3]	呼尔查, 杨德鹏, 罗亭祥, 李才善, 李培英, 马祯, 杨森, 王梅影, 巴音查汗·盖力克, 郭庆勇, 胡政香. 亚洲璃眼蜱吸血期体内菌群动态变化观察[J]. 畜牧兽医学报, 2025, 56(12): 6375-6385.
[4]	杨文慧, 王菲菲, 李晨雷, 孙宇, 秦俊杰, 朱浩, 郭延生. 基于奶牛瘤胃菌群分析四君子散健脾效应的作用机制[J]. 畜牧兽医学报, 2025, 56(12): 6487-6501.
[5]	龙唐晖, 詹彦波, 廖观香, 陈新锋, 张健, 李艳娇, 欧阳克蕙, 邱清华. 饲粮添加赖氨酸对肉牛粪便发酵参数和微生物菌群结构的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2024, 55(5): 2042-2049.
[6]	张帅, 陈奎蓉, 许迪, 江山, 王梦影, 张坤, 徐玉培, 雷国凤, 张志程, 郭猛, 赵云翔, 兰干球, 梁晶. 基于16S rRNA测序分析高低饲料转化率猪粪便微生物的组成差异[J]. 畜牧兽医学报, 2024, 55(4): 1605-1614.
[7]	郑先瑞, 卓明雪, 纪金丽, 蒋维虎, 邓在双, 张吉成, 田雅莉, 丁月云, 张晓东, 殷宗俊. 皖南黑猪不同生长阶段血清免疫指标及肠道菌群的特征分析[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(9): 3770-3783.
[8]	周辅臣, 叶健, 郭才金, 曾海玉, 吴珍芳, 董林松, 蔡更元. 杜洛克猪瘦肉率性状的窝效应分析及遗传参数估计[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(6): 2288-2296.
[9]	陆梦琪, 杨文杰, 李萍, 余鹏, 董翎, 牛晓玉, 杨克礼, 邹维华, 宋卉. 基于16S rRNA测序分析PRRSV感染仔猪肺和肠道中微生物菌群的变化[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(4): 1664-1678.
[10]	颜琼娴, 陈文勋, 惠浩阳, 彭灿, 汤少勋, 周小玲, 谭支良. 玉米赤霉烯酮对山羊生长性能、胃肠道发酵模式和菌群结构的影响研究[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(3): 1109-1123.
[11]	杨凯, 卢倬达, 何健, 张瑞琪, 王素青, 李克标, 赵云翔, 朱晓萍, 郭金彪. 商品猪群体效应对纯种猪胴体性状基因组选择准确性的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(12): 4943-4951.
[12]	姜辉, 杨慧, 方绍明, 高军, 陈从英. 影响猪采食行为的肠道微生物种类鉴别[J]. 畜牧兽医学报, 2023, 54(1): 213-226.
[13]	任曼, 刘欣, 唐玉林, 张瑞雪, 秦俊杰, 朱浩, 郭延生. 归芪益母复方制剂对产后奶牛瘤胃微生物和短链脂肪酸的调节[J]. 畜牧兽医学报, 2022, 53(12): 4461-4469.
[14]	杜宇, 蒲小峰, 陈晓萌, 吕芬芬, 汪丽, 张泽华, 张宝江, 苏艳. 新疆地区3株驴源马链球菌马亚种新SeM基因型的鉴定与进化分析[J]. 畜牧兽医学报, 2022, 53(1): 231-240.
[15]	唐敏嘉, 何卓琳, 蒲万霞. 获得性16S rRNA甲基化酶的研究进展[J]. 畜牧兽医学报, 2021, 52(9): 2369-2383.