1种检测新城疫病毒的微滴式数字PCR方法

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2020.12.028

畜牧兽医学报 ›› 2020, Vol. 51 ›› Issue (12): 3187-3192.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.12.028

1种检测新城疫病毒的微滴式数字PCR方法

梅力¹, 王英超¹, 吴迪¹, 李月², 宋彦军¹, 韦海涛¹, 王林¹, 高晓龙^1*, 冯小宇^1*

1. 北京市动物疫病预防控制中心, 北京 102629;
2. 北京市兽药监察所, 北京 102629

收稿日期:2020-05-28 出版日期:2020-12-25 发布日期:2020-12-23
通讯作者: 高晓龙,主要从事动物疫病防控技术研究,E-mail:gaoxiaolong8905@163.com;冯小宇,主要从事动物疫病防控技术研究,E-mail:hairen_2000@sina.com
作者简介:梅力(1985-),女,黑龙江齐齐哈尔人,高级兽医师,硕士,主要从事动物传染病诊断技术研发,E-mail:meili0816@126.com;王英超(1995-),女,山东济南人,助理兽医师,硕士,主要从事动物传染病诊断技术研发,E-mail:wangyingchao1108@163.com。
基金资助:
北京市科委重大专项首都食品质量安全保障课题（Z171100001317013）

A Droplet Digital PCR Method for Detection of Newcastle Disease Virus

MEI Li¹, WANG Yingchao¹, WU Di¹, LI Yue², SONG Yanjun¹, WEI Haitao¹, WANG Lin¹, GAO Xiaolong^1*, FENG Xiaoyu^1*

1. Beijing Animal Disease Control Center, Beijing 102629, China;
2. Beijing Veterinary Drug Control Institution, Beijing 102629, China

Received:2020-05-28 Online:2020-12-25 Published:2020-12-23

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在构建一种新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）的微滴式数字PCR方法（droplet digital PCR，ddPCR）。以NDV F基因为靶基因，选取保守区域设计引物和探针，构建了NDV ddPCR。对ddPCR反应引物和探针浓度、退火温度进行了优化，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行测定。试验结果表明，ddPCR的最佳引物和探针浓度分别为900和250 nmol·L^-1，最佳的退火温度为55℃。ddPCR的线性良好，最低检测下限为1.8 copies·μL^-1，与禽传染性支气管炎病毒等其他6种病毒无交叉反应，样本重复的变异系数为2.4%。结果提示，本研究建立的ddPCR方法灵敏度高、特异性强，可对新城疫病毒感染的临床样品进行定量检测。

关键词: 新城疫病毒, 数字PCR, 检测方法

Abstract: This experiment was conducted to establish a droplet digital PCR (ddPCR) method for the detection of Newcastle disease virus (NDV). A ddPCR method was developed, which the primers and probes were designed based on the conservative regions of F gene of NDV. The concentration of primer and probe, the annealing temperature in ddPCR reaction were optimized. The sensitivity, specificity and reproducibility of ddPCR method were evaluated. In results, the optimal primer concentration and the probe concentration were 900 and 250 nmol·L^-1, the optimum annealing temperature was 55℃. The detection limit of ddPCR method was 1.8 copies·μL^-1 with a good linear response, it had no cross reaction with other six viruses (include IBV), the coefficient of variation of sample repetition was 2.4%. All the results showed that NDV ddPCR was sensitive and specific, it was suitable for quantitative detection of clinical samples infected with NDV.

Key words: Newcastle disease virus, droplet digital PCR, detection method

中图分类号:

S855.3

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