家畜单细胞转录组学数据库的研究现状与展望

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2026.01.001

畜牧兽医学报 ›› 2026, Vol. 57 ›› Issue (1): 1-12.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2026.01.001

家畜单细胞转录组学数据库的研究现状与展望

王健¹(), 李瑞星², 刘翘铭³(), 李远方⁴^,⁵()

^1.河南财经政法大学计算机与信息工程学院，郑州 450000
^2.河南大学软件学院，开封 475000
^3.河南大学人工智能学院，郑州 450000
^4.哈尔滨工业大学医学与健康学院，哈尔滨 150001
^5.哈尔滨工业大学郑州研究院，郑州 450000

收稿日期:2025-05-19 出版日期:2026-01-23 发布日期:2026-01-26
通讯作者: 刘翘铭,李远方 E-mail:goodjian121@126.com;cslqm@henu.edu.cn;yuanfangli1991@163.com
作者简介:王健，博士，主要从事大数据分析、数据挖掘、群智能算法研究，E-mail：goodjian121@126.com
基金资助:
河南省科技攻关项目(221100110200);国家自然科学基金(62402145)

Research Status and Prospects of Livestock Single-cell Transcriptomics Databases

WANG Jian¹(), LI Ruixing², LIU Qiaoming³(), LI Yuanfang⁴^,⁵()

^1.School of Computer and Information Engineering，Henan University of Economics and Law，Zhengzhou 450000，China
^2.Software College，Henan University，Kaifeng 475000，China
^3.College of Artificial Intelligence，Henan University，Zhengzhou 450000，China
^4.School of Medicine and Health，Harbin Institute of Technology，Harbin 150001，China
^5.Zhengzhou Research Institute，Harbin Institute of Technology，Zhengzhou 450000，China

Received:2025-05-19 Online:2026-01-23 Published:2026-01-26
Contact: LIU Qiaoming, LI Yuanfang E-mail:goodjian121@126.com;cslqm@henu.edu.cn;yuanfangli1991@163.com

摘要/Abstract

摘要：

本文旨在阐述单细胞组学技术如何推动畜牧学研究，并系统综述家畜单细胞转录组学数据库的构建流程、应用现状及主要挑战，以期为研究者提供数据参考与分析思路，促进该技术在家畜研究中的深入应用。通过全面梳理与整合分析现有家畜单细胞转录组数据库资源，总结其构建方法与应用路径，并探讨当前面临的技术瓶颈。单细胞转录组技术为解析家畜疾病机制、分子育种及健康管理提供了新的研究视角和丰富的数据资源，同时也揭示了在数据整合、注释标准化等技术环节仍存在显著挑战。未来应加强高质量数据库构建、开发适用于家畜的分析算法，并推动多组学整合，以充分发挥单细胞技术在畜牧业发展中的潜力。

关键词: 家畜, 单细胞转录组学, 数据库

Abstract:

This article aims to elucidate how single-cell omics technologies advance livestock research and provides a systematic review of the construction process， current applications， and major challenges of single-cell transcriptomic databases in domestic animals. It seeks to offer data references and analytical frameworks for researchers， thereby promoting deeper application of this technology in livestock studies. This review conducted a comprehensive review and integrated analysis of existing single-cell transcriptomic database resources for livestock， summarizing their construction methodologies and application pathways， while also discussing current technical bottlenecks. The review demonstrates that single-cell transcriptomics offers novel perspectives and abundant data resources for elucidating mechanisms of livestock diseases， molecular breeding， and health management， while also revealing significant challenges in areas such as data integration and annotation standardization. Future efforts should focus on constructing high-quality databases， developing analysis algorithms tailored to livestock species， and promoting multi-omics integration to fully leverage the potential of single-cell technologies in the development of animal husbandry.

Key words: livestock, single-cell transcriptomics, database

中图分类号:

S813

王健, 李瑞星, 刘翘铭, 李远方. 家畜单细胞转录组学数据库的研究现状与展望[J]. 畜牧兽医学报, 2026, 57(1): 1-12.

WANG Jian, LI Ruixing, LIU Qiaoming, LI Yuanfang. Research Status and Prospects of Livestock Single-cell Transcriptomics Databases[J]. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2026, 57(1): 1-12.

图/表 2

图1

表1

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数据库名称 Database name	数据库详情 Database details	物种类型 Species types	功能特点 Functional features	网址 Website	文献 Reference
PBatlas	1个物种，1个样本，5个大脑区域，32 250个细胞	家猪	细胞聚类与基因表达分析、细胞通讯分析、疾病风险基因分析	http：//120.79.46.200：82	［33］
CCL	1个物种，30多个数据集，13种组织	奶牛	细胞类型注释、比较分析和标记基因查询	http：//cattlecelllandscape.zju.edu.cn	［40］
DCA	1个物种，84种细胞类型，27万多个细胞	驴	基因表达查询、细胞通讯分析、转录因子查询	https：//egrb.qau.edu.cn/	［42］
CattleCA	1个物种，59种细胞类型，170多万个细胞	牛	基因表达查询和标记基因查询	https：//ngdc.cncb.ac.cn/cattleca/	［41］
ChickenGTEx	1个物种，127 598个细胞	鸡	基因表达查询	https：//chicken.farmgtex.org/	［39］
CDCP	641个数据集，2万多个样本，9 800万多个细胞	家猪、家鸡、家牛、家兔和绵羊	允许查询特定细胞类型或集群中不同基因的表达	https：//db.cngb.org/cdcp/	［13］
SCEA	21个物种，355个数据集，1 700万多个细胞	家鸡，家兔和绵羊	集成化scRNA-seq分析流程、t-SNE绘图网页部件	https：//www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home	［43］
SPEED	127个物种，630多万个细胞，85种疾病类型	家猪、家鸡、家兔、绵羊和家牛	细胞通讯分析、基因间互作、跨物种进化分析	http：//speedatlas.net	［44］
SCP	831个数据集，5 754万多个细胞	家猪、家鸡、家牛、绵羊	基因表达查询、细胞聚类分析、标记基因查询	https：//singlecell.broadinstitute.org/single_cell	［45］

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Research Status and Prospects of Livestock Single-cell Transcriptomics Databases

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