基于酶促重组酶扩增的非洲猪瘟病毒检测方法

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2024.09.046

畜牧兽医学报 ›› 2024, Vol. 55 ›› Issue (9): 4226-4231.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2024.09.046

基于酶促重组酶扩增的非洲猪瘟病毒检测方法

冯露¹(), 田宏²^,*(), 郑海学²^,*(), 石正旺², 罗俊聪², 张晓阳², 尉娟娟², 周静², 廖焕程², 王婉莹¹

1. 西北民族大学生命科学与工程学院, 兰州 730000
2. 中国农业科学院兰州兽医研究所兰州大学动物医学与生物安全学院动物疫病防控全国重点实验室, 兰州 730000

收稿日期:2023-10-17 出版日期:2024-09-23 发布日期:2024-09-27
通讯作者: 田宏,郑海学 E-mail:13458220434@163.com;tianhong@caas.cn;zhenghaixue@caas.cn
作者简介:冯露(2000-), 女, 四川南充人, 硕士, 主要从事动物传染病与流行病学研究, E-mail: 13458220434@163.com
基金资助:
国家重点研发计划项目(2021YFD1801300);2022甘肃省创新联合体(22ZD6NA012);中央高校基本科研业务费专项资金资助;“十四五”广东省揭榜挂帅项目(2023SDZG02);2023农业技术产业体系建设(CARS-35)

A Detection Method of African Swine Fever Virus based on Enzymatic Recombinase Amplification

Lu FENG¹(), Hong TIAN²^,*(), Haixue ZHENG²^,*(), Zhengwang SHI², Juncong LUO², Xiaoyang ZHANG², Juanjuan WEI², Jing ZHOU², Huancheng LIAO², Wanying WANG¹

1. College of Life Science and Engineering, Northwest Minzu University, Lanzhou 730000, China
2. State Key Laboratory for Animal Disease Control and Prevention/College of Veterinary Medicine, Lanzhou University/Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730000, China

Received:2023-10-17 Online:2024-09-23 Published:2024-09-27
Contact: Hong TIAN, Haixue ZHENG E-mail:13458220434@163.com;tianhong@caas.cn;zhenghaixue@caas.cn

摘要/Abstract

摘要：

建立基于酶促重组酶扩增(enzymatic recombinase amplification, ERA)技术的非洲猪瘟病毒(African swine fever virus, ASFV)核酸快速检测方法。针对ASFV B646L基因保守序列, 设计特异性的ERA探针和引物, 经过反应条件的优化, 建立等温条件下检测ASFV DNA的ERA方法。结果显示: 建立的ERA检测ASFV方法特异性强与其它病原无交叉反应; CV均小于10%, 具有良好的重复性; 对阳性样品拷贝数的检测下限为85 copies·μL^-1; 与世界动物卫生组织(WOAH)非洲猪瘟qPCR诊断方法对比, Kappa值为0.961, 具有高度一致性。本研究建立的基于ERA检测ASFV方法可以用于ASFV的现场快速检测。

关键词: 非洲猪瘟病毒, ERA, 核酸检测, 等温扩增

Abstract:

This experiment was conducted to establish a rapid nucleic acid detection method for African swine fever virus (ASFV) based on enzymatic recombinase amplification (ERA). We designed ERA probes and primers specific for the conserved sequence of ASFV B646L gene, and optimized the reaction conditions in order to establish an ERA method for the detection of ASFV DNA under isothermal conditions. The ERA method for ASFV demonstrated high specificity and no cross-reaction with other pathogens; the CV was less than 10%, indicative of good reproducibility. The lowest detection limit for the ERA method is 85 copies·μL^-1; comparison with the World Organization for Animal Health (WOAH) recommended qPCR diagnostic method for African swine fever (ASF) demonstrated a Kappa value of 0.961, suggestive of high identity with African swine fever qPCR diagnostic method. ERA-based method for the detection of ASFV can be used for the rapid detection of ASFV in the field.

Key words: African swine fever virus, ERA, Nucleic acid detection, Isothermal amplification

中图分类号:

S852.659.1

冯露, 田宏, 郑海学, 石正旺, 罗俊聪, 张晓阳, 尉娟娟, 周静, 廖焕程, 王婉莹. 基于酶促重组酶扩增的非洲猪瘟病毒检测方法[J]. 畜牧兽医学报, 2024, 55(9): 4226-4231.

Lu FENG, Hong TIAN, Haixue ZHENG, Zhengwang SHI, Juncong LUO, Xiaoyang ZHANG, Juanjuan WEI, Jing ZHOU, Huancheng LIAO, Wanying WANG. A Detection Method of African Swine Fever Virus based on Enzymatic Recombinase Amplification[J]. Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica, 2024, 55(9): 4226-4231.

图/表 4

图 1

表 1

图 2

表 2

参考文献 13

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样品编号 Sample No.	Ct值 Ct value				变异系数/% Coefficient of variation
样品编号 Sample No.	重复1 Repetition 1	重复2 Repetition 2	重复3 Repetition 3	标准偏差 Standard deviation	变异系数/% Coefficient of variation
1	9.47	9.41	8.36	0.62	6.87
2	5.57	6.1	5.50	0.33	5.73
3	5.22	4.98	4.53	0.35	7.13
4	6.11	6.2	5.24	0.53	9.01
5	7.69	7.78	8.58	0.49	6.11
6	6.1	6.68	6.24	0.30	4.77
7	9.55	9.81	9.18	0.32	3.33
8	9.89	11.06	12.00	1.05	9.62
9	15.03	16.73	15.84	0.85	5.36
10	11.83	12.04	11.10	0.49	4.23

方法 Method		qPCR
方法 Method		阳性 Positive	阴性 Negative	合计 Total
ERA	阳性Positive	19	0	19
	阴性Negative	1	40	41
	合计Total	20	40	60
Kappa值 Kappa value		0.961

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基于酶促重组酶扩增的非洲猪瘟病毒检测方法

A Detection Method of African Swine Fever Virus based on Enzymatic Recombinase Amplification

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