晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.06.006

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (6): 911-923.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.06.006

晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析

王曦¹，张元庆^1*，贺东昌¹，张喜忠¹，李博¹，王栋才¹，靳光¹，李福星²，杨效民¹，徐芳¹

(1.山西省农业科学院畜牧兽医研究所，太原 030032； 2.山西省运城市黄牛场，运城 044500)

收稿日期:2014-07-28 出版日期:2015-06-23 发布日期:2015-06-19
通讯作者: 张元庆，副研究员，E-mail：yuanqing_zhang@163.com
作者简介:王曦（1975-），男，山西岚县人，副研究员，博士，主要从事牛遗传育种与功能基因组研究，E-mail：wxphilip@aliyun.com
基金资助:
“十二五”国家高技术研究发展计划（863计划）子课题（2011AA100307-05）；山西省科技攻关项目（20130311024-1；20120311021-1；20130311024-2；20140311018-1）；山西省农业科学院育种工程项目（11yzgc017）；山西省农业科学院博士基金（YBSJJ1402）

Analyses of Genetic Diversity among Jinnan Cattle and Three other Chinese Indigenous Cattle Breeds

WANG Xi¹，ZHANG Yuan-qing^1* ，HE Dong-chang¹，ZHANG Xi-zhong¹，LI Bo¹，WANG Dong-cai¹，JIN Guang¹，LI Fu-xing²，YANG Xiao-min¹，XU Fang¹

（1.Institute of Animal Science and Veterinary Medicine，Shanxi Academy of Agricultural Science，Taiyuan 030032 China；2.Yuncheng Yellow Cattle Farm，Yuncheng 044500，China）

Received:2014-07-28 Online:2015-06-23 Published:2015-06-19

摘要/Abstract

摘要：

旨在利用微卫星技术检测晋南牛、郏县红牛、鲁西牛和秦川牛四大地方黄牛的牛群遗传多样样及遗传结构。采用16个微卫星DNA标记对4个牛群进行检测分析。16个微卫星DNA标记中，除HEL9位点在所有牛群中呈单态外，其他15个位点的有效等位基因数为2～8个，平均有效等位基因数为3.067 6个。BM1818为低度多态（PIC=0.083 0，PIC<0.25），其余位点均为高度多态（PIC>0.5），其中HUAT24多态性最大（PIC=0.727 5）。4个牛群共检测到80个等位基因，其中晋南牛为63个，郏县红牛为65个，鲁西牛65个，秦川牛68个。在IDVGA46位点，仅有晋南牛有B等位基因，而在TGLA44位点，仅有晋南牛没有B等位基因。4个牛群的平均表观杂合度为0.385 2，平均期望杂合度为0.640 3，平均杂合度为0.578 0。晋南牛在NJ树上单独聚为一支，与鲁西黄牛、郏县红牛及秦川牛的遗传距离分别为0.809 3、0.759 8、0.807 1。结果表明，晋南牛遗传资源独特，群体遗传多样性丰富，是一个生长进化上较为封闭的群体。

关键词: 微卫星, 遗传多样性, 晋南牛

Abstract:

The genetic diversity and genetic structure of Jinnan cattle，Jiaxian Red cattle，Luxi cattle and Qinchuan cattle were detected by microsatellite technology.Allele frequencies and distribution of 16 microsatellite markers were detected in 4 cattle populations.Number of effective alleles of the other 15 loci was from 2 to 8 except HEL9 as a monomorphic loci in all individuals，and the average number of effective alleles was 3.067 6.BM1818 was low genetic polymorphisms (PIC=0.083 0，PIC<0.25)，and the others were high genetic polymorphisms (PIC＞0.5)，with the highest PIC value at HUAT24 locus (PIC=0.727 5).80 alleles were identified in 4 populations (63 alleles in Jinnan cattle，65 in Jiaxian Red cattle，65 in Luxi cattle and 68 in Qinchuan cattle，respectively).The allele B at IDVGA46 was detected only in Jinnan cattle，and the allele B at TGLA44 was only lack in Jinnan cattle.Mean observed heterozygosity，mean expected heterozygosity and mean heterozygosity were 0.385 2，0.640 3 and 0.578 0，respectively in 4 populations.Jinnan cattle was independently clustered in the NJ tree and the genetic distance (D_A) with Luxi cattle，Jiaxian Red cattle and Qinchuan cattle were 0.809 3，0.759 8 and 0.807 1.There were special genetic characterics and sufficient genetic diversity in Jinnan cattle，and it was a relatively closed population in its evolutionary process.

Key words: microsatellites, genetic diversity, Jinnan cattle

中图分类号:

S813.1
S823

王曦，张元庆，贺东昌，张喜忠，李博，王栋才，靳光，李福星，杨效民，徐芳. 晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(6): 911-923.

WANG Xi，ZHANG Yuan-qing，HE Dong-chang，ZHANG Xi-zhong，LI Bo，WANG Dong-cai，JIN Guang，LI Fu-xing，YANG Xiao-min，XU Fang. Analyses of Genetic Diversity among Jinnan Cattle and Three other Chinese Indigenous Cattle Breeds[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(6): 911-923.

参考文献

［1］张云武，张亚平．微卫星及其应用［J］．动物学研究，2011，22(4)：315-320.
ZHANG Y W，ZHANG Y P.Microsatellites and applications ［J］.Zoological Research，2011，22(4)：315-320.(in Chinese)
［2］BRUORD M W，BRADLEY D G，LUIKART G D N.A marker reveals the complexity of livestock domestication ［J］.Nat Rev Genet，2003，4(11)：900-910.
［3］TAKAHASHI H，NIRASAWA K，NAGAMINE Y，et al.Genetic relationship among Japanese native breeds of chicken based on microsatellite DNA polymorphisms［J］. J Heredity，1998，89(6)：543-546.
［4］NEI M.Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individual［J］.Genetics，1978，89：583-590.
［5］孙维斌，陈宏，朴亨国，等．晋南牛5个微卫星卫点多态性的研究［C］.杨凌：全国首届动物生物技术学术研讨会，2004：345-348.
SUN W B，CHENG H，PU H G，et al.Analysis of polymorphism of five microsatellites in Jin-nan cattle ［C］.Yangling：Animal Biotechnology Bulletin，2004：345-348.(in Chinese)
［6］毕伟伟．鲁西牛微卫星标记和MHC多态性及其生长发育性状的关系［D］.泰安：山东农业大学，2011.
BI W W.Polymorphism of microsatellite markers and MHC and their relationships with growth traits in Lu-xi cattle［D］.Taian：Shandong Agricultural University，2011.(in Chinese)
［7］王洪程．秦川牛微卫星、CDIPT基因多态及其生长性状的相关研究［D］.杨凌：西北农林科技大学，2011.
WANG H C.Polymorphism of microsatellites，CDIPT gene and their correlations with growth traits in Qinchuan cattle［D］.Yangling：Northwest A&F University，2011.(in Chinese)
［8］李荣岭，张桂香，王志刚，等．微卫星标记对12个中外牛品种群体遗传结构的研究［J］.遗传，2007，29(12)：1463-1470.
LI R L，ZHANG G X，WANG Z G，et al.Analysis of the genetic structure of 12 Chinese and foreign cattle breeds using DNA microsatellite markers［J］.Hereditas，2001，29(12)：1463-1470.(in Chinese)
［9］罗永生，王志刚，李加琪，等．采用微卫星标记分析13个中外牛品种的遗传变异和品种间的遗传关系［J］.生物多样性，2006，14(6)：498-507.
LUO Y S，WANG Z G，LI J Q，et al.Genetic variation and genetic relationship among 13 Chinese and introduced cattle breeds using microsatellite DNA markers［J］.Biodiversity Science，2006，14(6)：498-507.(in Chinese)
［10］CHAKRABORTY R，ZHONG Y，DEANDRADE M，et al.Linkage disequilibria among (CA)n polymorphism in the human dystrophin gene and their implications in carrier detection and prenatal diagnosis in duchenne and becker muscular dystrophies ［J］.Genomics，1994，21：567-570.
［11］BOSTEIN D，WHITE R L，SKOLNICK M，et al.Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms ［J］. Am J Hum Genet，1980，32：314-331.
［12］YANG W J，KANG X L，YANG F Y，et al.Review on the development of genotyping methods for assessing farm animal diversity ［J］.J Anim Sci Biotechnol，2013，4：1-6.
［13］GOLDSTEIN D B.An evaluation of genetic distance for use with microsatellite loci ［J］. Genetics，1995，139：463-471.
［14］EBLATE E M，LUGHANO K J，CHENYAMBUGA D，et al.Polymorphic microsatellite markers for genetic studies of African antelope species ［J］. African J Biotechnol，2011，10(56)：11817-11820.
［15］徐云碧.分子数量遗传学［M］.北京：农业出版社，1994.
XU Y B.Molecular Quantitative Genetics［M］.Beijing：Agricultural Publishing House，1994.(in Chinese)
［16］CRONIN M A，MACNEIL M D，VU N， et al.Genetic variation and differentiation of bison (Bison bison) subspecies and cattle (Bos taurus) breeds and subspecies［J］. J Heredity，2013，104(4)：500-509.
［17］KEROS T，JEMERSIC L，PRPIC J， et al. Genetic variability of microsatellites in autochthonous Podolian cattle breeds in Croatia［J］.Acta Veterinaria Brno，2013，82(2)：135-140.
［18］雷初朝，陈宏，杨公社，等．中国部分黄牛品种mtDNA遗传多样性研究［J］.遗传学报，2004，31（1）：43-50.
LEI C C，CHEN H，YANG G S，et al.Genetic diversity of Mitochondrial DNA in chinese yellow cattle［J］.Journal of Genetics and Genomics，2004，31(1)：43-50.(in Chinese)
［19］PHAM L D，DO D N，BINH N T，et al.Assessment of genetic diversity and population structure of Vietnamese indigenous cattle populations by microsatellites［J］.Livest Sci，2013，155(1)：17-22.
［20］UTSUNOMIYA Y T，BOMBA L，LUCENTE G，et al.Revisiting AFLP fingerprinting for an unbiased assessment of genetic structure and differentiation of taurine and zebu cattle［J］.BMC Genet，2014，15(1)：47.
［21］ACOSTA C，UFFO O.SANZ A，et al.Genetic diversity and differentiation of five Cuban cattle breeds using 30 microsatellite loci［J］.J Anim Breed Genet，2013，130(1)：79-86.
［22］ARMSTRONG E，IRIARTE A，MARTINEZ A M，et al.Genetic diversity analysis of the Uruguayan Creole cattle breed using microsatellites and mtDNA markers［J］.Genet Mol Res，2013，12：1119-1131.

[1]	古江, 李燕芳, 赵习彬, 谢跃, 赖为民, 杨光友, 古小彬. 基于线粒体16S rRNA全序列分析我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(5): 1012-1019.
[2]	古江, 李燕芳, 赵习彬, 谢跃, 赖为民, 杨光友, 古小彬. 基于线粒体16S rRNA全序列分析我国绵羊痒螨兔亚种的遗传多样性[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(5): 1012-1019.
[3]	周永娜, 刘华淼, 鞠妍, 张然然, 王磊, 董世武, 邢秀梅. 利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(2): 282-290.
[4]	周永娜, 刘华淼, 鞠妍, 张然然, 王磊, 董世武, 邢秀梅. 利用Y染色体基因分析梅花鹿种公鹿的遗传多样性和父系起源[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(2): 282-290.
[5]	李燕方, 古江, 袁媛, 谢跃, 赖为民, 杨光友, 古小彬. 基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(11): 2468-2476.
[6]	李燕方, 古江, 袁媛, 谢跃, 赖为民, 杨光友, 古小彬. 基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(11): 2468-2476.
[7]	王洪志, 李国辉, 张贤, 张一平, 张会永, 殷建玫, 苏一军, 王克华, 韩威, 邹剑敏. 基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(5): 818-825.
[8]	王洪志, 李国辉, 张贤, 张一平, 张会永, 殷建玫, 苏一军, 王克华, 韩威, 邹剑敏. 基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(5): 818-825.
[9]	殷彬, 岳书俭, 俞英, 曹巧巧, 王中华, 师科荣. 奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(4): 595-604.
[10]	殷彬, 岳书俭, 俞英, 曹巧巧, 王中华, 师科荣. 奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(4): 595-604.
[11]	古小彬，朱俊扬，王保健，郑晶，杨光友，汪涛，赖为民. 四川地区鸡异刺线虫核糖体转录间隔区（ITS1/2）序列的遗传变异分析[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(4): 796-804.
[12]	古小彬，朱俊扬，王保健，郑晶，杨光友，汪涛，赖为民. 四川地区鸡异刺线虫核糖体转录间隔区（ITS1/2）序列的遗传变异分析[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(4): 796-804.
[13]	王曦，张元庆，贺东昌，张喜忠，李博，王栋才，靳光，李福星，杨效民，徐芳. 晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(6): 911-923.
[14]	赵会静，张敬敬，文杰，刘冉冉，郑麦青，李庆贺，马月辉，赵桂苹. 15个鸡群体IL-2基因的遗传变异分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(1): 41-49.
[15]	赵会静，张敬敬，文杰，刘冉冉，郑麦青，李庆贺，马月辉，赵桂苹. 15个鸡群体IL-2基因的遗传变异分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(1): 41-49.

晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析

Analyses of Genetic Diversity among Jinnan Cattle and Three other Chinese Indigenous Cattle Breeds

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