牛卵泡ODF1与ODF2转录组发育相关基因筛选及表达差异分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.007

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (11): 1961-1966.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.007

牛卵泡ODF1与ODF2转录组发育相关基因筛选及表达差异分析

李鹏飞¹，孟金柱²，谢建山²，朱芷葳¹，刘岩²，姜晓龙²，陈建伟²，姚晓磊²，赵妙妙²，吕丽华^2*

(1.山西农业大学生命科学学院，太谷 030801；2.山西农业大学动物科技学院，太谷 030801)

收稿日期:2015-02-02 出版日期:2015-11-23 发布日期:2015-11-23
通讯作者: 吕丽华，E-mail：lihualvsxau@126.com
作者简介:李鹏飞（1978-），男，山西偏关人，博士，副教授，主要从事动物生殖生理方面的研究，E-mail：adamlpf@126.com
基金资助:
国家自然科学基金（31172211）；农业部948项目（2010-Z43）；山西省横向协作与委托项目（2010HX54）；山西省回国留学人员科研资助项目（2014-重点5）；山西省科技攻关项目（20130311027-2）；山西省人事厅人才引进项目；山西农业大学引进人才博士科研启动费(2014ZZ04)；科研管理费资助重大项目；标志性成果培育项目（71060003）

Screening and Analyse Study of Genes Associated with Follicular Development in Bovine ODF1 and ODF2 Transcript

LI Peng-fei¹，MENG Jin-zhu²，XIE Jian-shan²，ZHU Zhi-wei¹，LIU Yan²，JIANG Xiao-long²，CHEN Jian-wei²，YAO Xiao-lei²，ZHAO Miao-miao²，LÜ Li-hua^2*

（1.College of Life Science，Shanxi Agricultural University，Taigu 030801，China；2.College of Animal Science and Veterinary Medicine，Shanxi Agricultural University，Taigu 030801，China）

Received:2015-02-02 Online:2015-11-23 Published:2015-11-23

摘要/Abstract

摘要：

旨在从牛发情周期第一卵泡波中最大卵泡ODF1（The largest follicle at onset of deviation）和第二大卵泡ODF2（The second largest follicle at onset of deviation）转录组水平上筛选卵泡发育差异表达基因。采集牛发情周期第一卵泡波ODF1和ODF2，分别分离颗粒细胞并提取总RNA，构建RNA文库，通过Illumina平台对ODF1和ODF2测序；筛选出ODF1与ODF2两个转录本之间比值大于2的差异表达基因，并采用qRT-PCR对筛选出的基因在牛发情周期内第一卵泡波优势卵泡（Dominant follicles，DF）和从属卵泡（Subordinate follicles，SF）颗粒细胞中功能验证。共获得8个卵泡发育差异表达基因，其中7个基因筛选自ODF1/ODF2（BEX2、UBN1、SIK1、SPARCL1、LOC784256、LOC789231和LOC785462），1个筛选自ODF2/ODF1（SAFB2）；qRT-PCR结果表明，BEX2、UBN1、LOC784256和LOC789231在DF中mRNA表达量极显著高于SF（P<0.01），SAFB2在SF中mRNA表达量极显著高于DF（P<0.01），SIK1和SPARCL1在SF中mRNA表达量显著高于DF（P<0.05），虽然LOC785462在SF中mRNA表达量高于DF，但差异不显著（P>0.05）。qRT-PCR检测BEX2、UBN1、LOC784256、LOC789231和SAFB2的结果与高通量测序中该基因在ODF1和ODF2的RPKM的差异趋势基本一致，而SIK1、SPARCL1和LOC785462不一致。

Abstract:

This study was performed to screen genes associated with follicular development from ODF1（The largest follicle at onset of deviation）and ODF2(The second largest follicle at onset of deviation)in transcript levels of bovine.The largest and second largest follicle were collected from onset of deviation then separated granulosa cells from which extracted total RNA.High-throughput deep sequencing was carried out by sequencing platform of Illumina.According to the results of assessment analysis in significant enrichment analysis of Gene Ontology function and differential expression in gene screening.Further，screening differential expression gene by ODF1/ODF2 or ODF2/ODF1>2 as the candidate genes.By real-time fluorescent quantitative PCR(qRT-PCR) was performed to detect the gene expression pattern between DF and SF granulose cells of the first follicular wave during estrous cycle in bovine.Eight candidate genes related to follicular development were screened and 7 genes（BEX2，UBN1，SIK1，SPARCL1，LOC784256，LOC789231，LOC785462）from ODF1/ODF2 and one （SAFB2）from ODF2/ODF1，BEX2，UBN1，LOC784256，LOC789231 expressed in DF was extremely significantly higher than that in SF(P<0.01).But the expression levels of SAFB2 was extremely significantly higher in SF than those in DF(P<0.01) and SIK1，SPARCL1 were significantly greater in SF compared with DF(P<0.05).This indifferences trends was consistent between qRT-PCR test results of BEX2，UBN1，LOC784256，LOC789231，SAFB2 and high-throughput sequencing results of RPKM in ODF1 and ODF2.The qRT-PCR test results of SIK1，SPARCL1 and LOC785462 was opposite with the high-throughput sequencing of the gene RPKM in ODF1 and ODF2.

中图分类号:

S823.2

李鹏飞，孟金柱，谢建山，朱芷葳，刘岩，姜晓龙，陈建伟，姚晓磊，赵妙妙，吕丽华. 牛卵泡ODF1与ODF2转录组发育相关基因筛选及表达差异分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(11): 1961-1966.

LI Peng-fei，MENG Jin-zhu，XIE Jian-shan，ZHU Zhi-wei，LIU Yan，JIANG Xiao-long，CHEN Jian-wei，YAO Xiao-lei，ZHAO Miao-miao，Lü Li-hua. Screening and Analyse Study of Genes Associated with Follicular Development in Bovine ODF1 and ODF2 Transcript[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(11): 1961-1966.

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