遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探

畜牧兽医学报 ›› 2008, Vol. 39 ›› Issue (2): 129-135.

• 遗传繁育 • 下一篇

遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探

毛永江;常洪;杨章平;张柳;许明;常国斌;孙伟;宋光明;Henner Simianer

1．扬州大学动物科学与技术学院，扬州 225009； 2．Institute of Animal Breeding and Genetics, University of Goettingen, Goettingen 37075， Germany

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-02-24 发布日期:2008-02-24

The Relationship between Construction of Phylogenetic Trees and Genetic Distances from Microsatellite

MAO Yong-jiang;CHANG Hong;YANG Zhang-ping;ZHANG Liu;XU Ming;
CHANG Guo-bin;SUN Wei; SONG Guang-ming;HENNER Simianer

1． College of Animal Science and Technology，Yangzhou University, Yangzhou 225009，China；2．Institute of Animal Breeding and Genetics, Universtiy of Goettingen, Goettingen 37075，Germany

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-02-24 Published:2008-02-24

摘要/Abstract

摘要： 以中国牛亚科家畜6个群体12对微卫星数据为基础，采用6种遗传距离(D_A、 D_C、 D_S、 D_sw,（σμ）²和D_TL )和2种聚类方法（UPGMA和NJ法），探索它们对系统树构建准确性的影响。结果表明：微卫星位点平均杂合度水平显著影响系统树构建的准确性，用D_A和D_C遗传距离构建的系统树准确性相对较高，但很难确定NJ法和UPGMA法哪一种更适合于系统树的构建，而DTL遗传距离用于系统树构建有待进一步完善；最后，对微卫星用于家畜系统树构建的有效性和局限性进行了探讨。

关键词: 系统树构建, 微卫星, 遗传距离

Abstract: 6 genetic distances (D_A, D_C, D_S, D_sw,（σμ）² and D_TL) and 2 cluster methods (UPGMA and NJ) were used to evaluate the reliabilities of construction of phylogenetic trees based on the microsatellite data from 6 cattle populations in bovine subfamily in China. The results showed that the reliabilities of construction of phylogenetic trees were affected significantly by the heterozygosity of microsatellite sites. D_A and D_Cgenetic distances showed generally higher reliability than other distances to obtain correct phylogenetic tree, but we can’t confirm which is better to obtain the correct phylogenetic tree for NJ and UPGMA. D_TL genetic distance needed to be improved to construct the phylogenetic tree. Finally, usefulness and limitations were discussed to construct of phylogenetic trees from microsatellites.

Key words: reconstruction of phylogenetic tree, microsatellite, genetic distances

毛永江;常洪;杨章平;张柳;许明;常国斌;孙伟;宋光明;Henner Simianer. 遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探[J]. 畜牧兽医学报, 2008, 39(2): 129-135.

MAO Yong-jiang;CHANG Hong;YANG Zhang-ping;ZHANG Liu;XU Ming;CHANG Guo-bin;SUN Wei;SONG Guang-ming;HENNER Simianer. The Relationship between Construction of Phylogenetic Trees and Genetic Distances from Microsatellite[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2008, 39(2): 129-135.

[1]	殷彬, 岳书俭, 俞英, 曹巧巧, 王中华, 师科荣. 奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(4): 595-604.
[2]	殷彬, 岳书俭, 俞英, 曹巧巧, 王中华, 师科荣. 奶牛分子系谱构建或亲权鉴定的微卫星标记筛选[J]. 畜牧兽医学报, 2017, 48(4): 595-604.
[3]	王曦，张元庆，贺东昌，张喜忠，李博，王栋才，靳光，李福星，杨效民，徐芳. 晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(6): 911-923.
[4]	王曦，张元庆，贺东昌，张喜忠，李博，王栋才，靳光，李福星，杨效民，徐芳. 晋南牛与部分地方黄牛之间遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(6): 911-923.
[5]	杜胭脂，陈玉霞，康丽，徐来祥，唐辉，姜运良. 汶上芦花鸡种质资源的遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(10): 1616-1621.
[6]	杜胭脂，陈玉霞，康丽，徐来祥，唐辉，姜运良. 汶上芦花鸡种质资源的遗传多样性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(10): 1616-1621.
[7]	江燕，傅彤，廉红霞，钟晓琳，翟磊，高腾云. 不同产区郏县红牛生态差异性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(1): 46-55.
[8]	江燕，傅彤，廉红霞，钟晓琳，翟磊，高腾云. 不同产区郏县红牛生态差异性分析[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(1): 46-55.
[9]	郭立平，徐丽，朱淼，张路培，高会江，李俊雅，许尚忠，高雪. 西门塔尔牛微卫星亲子鉴定体系的优化[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(6): 871-879.
[10]	郭立平，徐丽，朱淼，张路培，高会江，李俊雅，许尚忠，高雪. 西门塔尔牛微卫星亲子鉴定体系的优化[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(6): 871-879.
[11]	戚文华，蒋雪梅，肖国生，黄小云，杜联明. 牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(11): 1724-1733.
[12]	戚文华，蒋雪梅，肖国生，黄小云，杜联明. 牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(11): 1724-1733.
[13]	李代军;周玉法;刘敬博;高丽丽;赵效楠;蔡玉梅;柴同杰. 微卫星引物PCR快速鉴定兔皮肤病原真菌方法的建立及应用[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(5): 779-784.
[14]	李代军;周玉法;刘敬博;高丽丽;赵效楠;蔡玉梅;柴同杰. 微卫星引物PCR快速鉴定兔皮肤病原真菌方法的建立及应用[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(5): 779-784.
[15]	金梅;王艳杰;张婷婷;朴君;刁雪涛;何振瑞;张小芳;康慧琴. 辽宁新品系绒山羊微卫星标记与经济性状相关性的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(2): 186-195.

遗传距离与利用微卫星进行系统树构建初探

The Relationship between Construction of Phylogenetic Trees and Genetic Distances from Microsatellite

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价