临床样本中水貂嵌杯病毒的全基因组分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2018.04.014

畜牧兽医学报 ›› 2018, Vol. 49 ›› Issue (4): 771-776.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2018.04.014

临床样本中水貂嵌杯病毒的全基因组分析

王楷宬*, 庄青叶, 邱源, 王素春, 侯广宇

中国动物卫生与流行病学中心, 青岛 266032

收稿日期:2017-08-18 出版日期:2018-04-23 发布日期:2018-04-23
通讯作者: 王楷宬
作者简介:王楷宬(1981-),女,山东人,副研究员,博士,主要从事兽医微生物研究,Tel:+86-532-85613279;E-mail:wangkaicheng@cahec.cn。
基金资助:
国家重点研发计划项目（2017YFC120050）；中国动物卫生与流行病学中心创新基金（2015IF-0004FF）

Genome Analysis of the Mink Calicivirus Detected in Clinical Sample

WANG Kai-cheng*, ZHUANG Qing-ye, QIU Yuan, WANG Su-chun, HOU Guang-yu

China Animal Health and Epidemiology Center, Qingdao 266032, China

Received:2017-08-18 Online:2018-04-23 Published:2018-04-23

摘要/Abstract

摘要：

为分析水貂嵌杯病毒中国株的特性，采用高通量测序方法测定青岛某养殖场检测的水貂嵌杯病毒的基因组，并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示，该病毒全基因大小为8 427 bp，具有与其他嵌杯病毒相似的结构和基因顺序，5'端具有帽子结构，3'端具有A尾，其与19株代表性毒株的全基因组和衣壳蛋白氨基酸序列同源性分析都证实该病毒与我国2011年报道的水貂嵌杯病毒同源性高，BLAST进一步确认该病毒不属水貂肠道嵌杯病毒，分析结果也对了解嵌杯病毒中各种未分属病毒的分类提供参考。

Abstract:

To analyze the characterization of the mink calicivirus in China, the genome of the mink calicivirus detected in the farm of Qingdao was sequenced by high-throughput sequencing. The genome of the isolate was analyzed and compared with other caliciviruses. The results showed that the length of the isolate was 8 427 bp, which possessed the similar genomic organization, structure and gene order with the other calicivirus. It possessed 5'-untranslated region and 3'-poly (A) tail. The comparing analysis of the genome and capsid protein amino acid sequence of the virus and the 19 representative viruses showed that the identity between this virus and the Chinese virus detected in 2011 was high. The BLAST results showed that this virus was not belong to mink enteric calicivirus. The analysis was also useful to supply reference to the classification of the caliciviruses which haven't been defied into genera.

中图分类号:

S852.659.6

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Genome Analysis of the Mink Calicivirus Detected in Clinical Sample

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