高通量测序分析20株禽流感病毒全基因

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2016.07.018

畜牧兽医学报 ›› 2016, Vol. 47 ›› Issue (7): 1443-1450.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2016.07.018

高通量测序分析20株禽流感病毒全基因

王楷宬^* ，庄青叶，张笑春，邱源，王通，侯广宇，刘朔，王素春

（中国动物卫生与流行病学中心，青岛 266032）

收稿日期:2015-10-30 出版日期:2016-07-23 发布日期:2016-07-21
通讯作者: 王楷宬， E-mail：wangkaicheng@cahec.cn
作者简介:王楷宬（1981-），女，山东青岛人，副研究员，主要从事动物病原学研究
基金资助:
中国动物卫生与流行病学中心创新基金(2015IF-0004FF)

Genome Analysis of the 20 Avian Influenza Virus Strains by High-Throughput Sequencing

WANG Kai-cheng^* ，ZHUANG Qing-ye，ZHANG Xiao-chun，QIU Yuan，WANG Tong，HOU Guang-yu，LIU Shuo，WANG Su-chun

(China Animal Health and Epidemiology Center，Qingdao 266032，China)

Received:2015-10-30 Online:2016-07-23 Published:2016-07-21

摘要/Abstract

摘要：

为探索使用高通量测序测定和分析禽流感病毒全基因的方法，使用Ion Torrent PGM测序仪对20株自华东地区分离的禽流感病毒进行全基因测序，分析该方法的优缺点，以及此20株病毒的基因组特性和进化特征。结果显示，应用Ion Torrent PGM测序仪能够测出全部20株病毒的全基因，确定其均为H9亚型h9.4.2.5分支的低致病性毒株，NA基因均为N2亚型，并分析了其6个内部基因分子演化关系。说明高通量测序可用于禽流感病毒全基因分析。

关键词: 高通量测序, 禽流感, 全基因, 分子演化

Abstract:

To discuss the sequencing and analysis of avian influenza virus (AIV) genome by high-throughput sequencing，genomes of the 20 AIV strains isolated from eastern China were sequenced by Ion Torrent PGM.The advantage and disadvantage of the method were evaluated.The characteristic of genome and evolution were analyzed.The molecular evolution relationships of the other 6 internal genes were also analyzed.The results showed that the whole genomes of all the 20 strains were completely sequenced by Ion Torrent PGM.All the 20 viruses are restricted to h9.4.2.5 clade of H9 subtype low pathogenic strains.NA genes of all the viruses are N2 subtype.High-throughput sequencing can be used in the genome analysis of AIV strains.

Key words: high-throughput sequencing, avian influenza, genome, molecular evolution

中图分类号:

S852.659.5

王楷宬，庄青叶，张笑春，邱源，王通，侯广宇，刘朔，王素春. 高通量测序分析20株禽流感病毒全基因[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(7): 1443-1450.

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高通量测序分析20株禽流感病毒全基因

Genome Analysis of the 20 Avian Influenza Virus Strains by High-Throughput Sequencing

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