利用Affymetrix芯片分析民猪冷应激后肌肉组织的基因表达谱

畜牧兽医学报 ›› 2011, Vol. 42 ›› Issue (12): 1661-1665.

利用Affymetrix芯片分析民猪冷应激后肌肉组织的基因表达谱

张冬杰，刘娣*，别墅，孙洪涛，汪亮，王文涛，何鑫淼

黑龙江省农业科学院，哈尔滨 150086

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2011-12-15 发布日期:2011-12-15
通讯作者: 刘娣

Gene Expression Analysis upon Cold Induced by Affymetrix Pig Chip

ZHANG Dongjie, LIU Di*, BIE Shu, SUN Hongtao, WANG Liang, WANG Wentao, HE Xinmiao

Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences, Harbin 150086, China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2011-12-15 Published:2011-12-15
Contact: LIU Di

摘要/Abstract

摘要： 冷应激可引起动物生产性能下降，诱发多种疾病，甚至造成死亡。民猪是我国北部地区特有的一个抗寒品种，为了研究冷应激下基因的表达调控机制，本研究利用Affymetrix猪基因芯片对民猪冷应激后肌肉组织内表达发生变化的基因进行了高通量的检测。结果，共检测到差异基因34个，其中下调表达的基因27个，上调表达的基因7个。在下调表达的基因中有7个（OAS1、IRG6、ISG20、DDX58、IFITl、ISG15、CXCL9）与干扰素诱导相关，1个（FST）与生长性状相关， 2个（MX1、PG2）与抗病毒有关，2个（S100A9、Numb）与细胞生长和凋亡有关；上调表达的基因功能还不清楚，推测它们可能与提高机体的抗寒性有关。对其中5个基因进行了Realtime PCR分析，证实它们都受到了温度的调节，与芯片检测结果吻合。结果提示，重度冷应激会造成机体免疫力下降，生长减缓。

关键词: 民猪, 冷应激, 基因芯片, Realtime PCR

Abstract: Cold stress can cause animal performance descending, induce various diseases, even result in death. Min pig is a unique anticold breed in north region of China. In order to study regulation mechanisms of gene expression under cold stress, gene profiling was performed using Affymetrix pig chip on the basis of equally mixed RNA samples from 2 treatments. Thirtyfour differentially expressed genes were detected, among them, twentyseven genes were downregulated and seven genes were upregulated. Among downregulated genes, seven genes (OAS1, IRG6, ISG20, DDX58, IFIT1, ISG15, CXCL9) were associated with interferon induction, one (FST) was associated with growth, two (MX1, PG2) were associated with antivirus, two (S100A9, Numb) were associated with cell growth and apoptosis. But the specific functions of the upregulated genes were unknown, which may have relationship to animal cold resistant. Several genes were selected for Realtime PCR analysis, and the results showed that their expression patterns were consistent with the result of gene chip hybridization. The severe cold stress could cause immunity declining and growth slowing.

Key words: Min pig, cold stress, gene chip, Realtime PCR

张冬杰;刘娣;别墅;孙洪涛;汪亮;王文涛;何鑫淼. 利用Affymetrix芯片分析民猪冷应激后肌肉组织的基因表达谱[J]. 畜牧兽医学报, 2011, 42(12): 1661-1665.

ZHANG Dongjie;LIU Di;BIE Shu;SUN Hongtao;WANG Liang;WANG Wentao;HE Xinmiao . Gene Expression Analysis upon Cold Induced by Affymetrix Pig Chip[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2011, 42(12): 1661-1665.

[1]	彭孝坤, 张宇, 黄晓瑜, 周广琛, 邢晓南, 张恩平. 急性冷应激对绵羊免疫功能和不同组织热休克蛋白70家族基因表达的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(8): 1625-1634.
[2]	彭孝坤, 张宇, 黄晓瑜, 周广琛, 邢晓南, 张恩平. 急性冷应激对绵羊免疫功能和不同组织热休克蛋白70家族基因表达的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(8): 1625-1634.
[3]	邓志文, 王泽平, 李倩文, 尹磊, 涂健, 宋祥军, 祁克宗. 禽致病性大肠杆菌双组分系统phoP/Q对鞭毛Ⅲ型分泌系统基因的调控预测[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(4): 821-829.
[4]	邓志文, 王泽平, 李倩文, 尹磊, 涂健, 宋祥军, 祁克宗. 禽致病性大肠杆菌双组分系统phoP/Q对鞭毛Ⅲ型分泌系统基因的调控预测[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(4): 821-829.
[5]	罗宁, 王群, 张小龙, 房保海, 姜帆, 石玲玲, 王冬冬, 杨宗统, 王守春, 徐彪, 尹燕博. 10种猪常见病毒基因芯片检测方法的建立及初步应用[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(10): 2249-2260.
[6]	罗宁, 王群, 张小龙, 房保海, 姜帆, 石玲玲, 王冬冬, 杨宗统, 王守春, 徐彪, 尹燕博. 10种猪常见病毒基因芯片检测方法的建立及初步应用[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(10): 2249-2260.
[7]	王海超，张乃锋，柴建民，王波，刁其玉. 培育方式对双胞胎湖羊羔羊肝基因表达的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(4): 733-744.
[8]	马锐，尹人杰，黄小波，文心田，杨国淋，常晓霞，张仙，滑翔，赵玉佳，曹三杰，文翼平，伍锐. 猪病毒性腹泻检测基因芯片的两种样品标记技术比较[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(4): 752-761.
[9]	王海超，张乃锋，柴建民，王波，刁其玉. 培育方式对双胞胎湖羊羔羊肝基因表达的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(4): 733-744.
[10]	马锐，尹人杰，黄小波，文心田，杨国淋，常晓霞，张仙，滑翔，赵玉佳，曹三杰，文翼平，伍锐. 猪病毒性腹泻检测基因芯片的两种样品标记技术比较[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(4): 752-761.
[11]	刘斌，杨军，阿云嘎，乌日格希拉图，那顺其木格，郝巴雅斯胡良，赵存发，李玉荣. 外源褪黑激素促进绒山羊皮肤毛囊相关基因表达差异的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(11): 2210-2217.
[12]	刘斌，杨军，阿云嘎，乌日格希拉图，那顺其木格，郝巴雅斯胡良，赵存发，李玉荣. 外源褪黑激素促进绒山羊皮肤毛囊相关基因表达差异的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(11): 2210-2217.
[13]	李玮,刘蕤，马尧，李金龙，吴宏军，刘爱荣，俞英，徐青，王雅春. 重度冷应激对三河牛血液生化指标及相关基因表达的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(8): 1463-1470.
[14]	李玮,刘蕤，马尧，李金龙，吴宏军，刘爱荣，俞英，徐青，王雅春. 重度冷应激对三河牛血液生化指标及相关基因表达的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(8): 1463-1470.
[15]	杨琨，张倩，李谷月，潘阳阳，余四九，何俊峰，崔燕. 温和冷应激及复温对牦牛卵巢颗粒细胞的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(5): 738-745.