广西巴马小型猪白细胞抗原经典Ⅱ类基因克隆及生物信息学分析

畜牧兽医学报 ›› 2012, Vol. 43 ›› Issue (9): 1353-1359.doi:

广西巴马小型猪白细胞抗原经典Ⅱ类基因克隆及生物信息学分析

刘子展^1,2，王在贵¹，李奎²，郭亚芬³，王爱德³，张玉琼^1*，杨述林^2*

(1. 安徽农业大学生命科学学院，合肥 230036； 2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193；
3. 广西大学动物科学技术学院，南宁 530005)

收稿日期:2012-01-06 出版日期:2012-09-25 发布日期:2012-09-25
通讯作者: 张玉琼，E-mail:zhyuqiong.ah@126.com；杨述林，E-mail: hi_ysl@yahoo.com.cn
作者简介:刘子展(1986-)，男，山东德州人，硕士，主要从事分子生物学的研究，E-mail: ytulzz@126.com
基金资助:
国家科技支撑计划（2012BAI39B04；2011BAI15B02）；“973”计划（2011CBA01005）；“863”计划(SQ2011AAJY2795)

Cloning and Bioinformatics Analysis of Swine Leukocyte Antigens ClassⅡ Genes in Guangxi Bama Minipigs

LIU Zi-zhan^1,2，WANG Zai-gui¹，LI Kui²，GUO Ya-fen³，WANG Ai-de³，ZHANG Yu-qiong^1*，YANG Shu-lin^2*

(1. School of Life Sciences，Anhui Agricultural University，Hefei 230036，China;
2. Institute of Animal Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193，China;
3. Animal Science and Technology College, Guangxi University, Nanning 530005, China)

Received:2012-01-06 Online:2012-09-25 Published:2012-09-25

摘要/Abstract

摘要： 为探讨广西巴马小型猪SLA经典Ⅱ类基因分子结构特征及其在猪-人异种器官移植研究中的应用前景，本研究采集4头广西巴马小型猪的耳组织，经抽提RNA和反转录得到cDNA，通过PCR扩增，对SLA经典Ⅱ类基因（SLA-DRA、SLA-DRB1、SLA-DQA、SLA-DQB1）纯化和克隆，进行双向测序。结果，在4个SLA经典Ⅱ类座位中得到基因序列共8条，利用NCBI服务器中BLAST分析发现，8条基因序列中5条为已知的等位基因，另3条为新的等位基因。通过核苷酸和氨基酸水平的同源性比对，构建亲缘进化树，分析发现，广西巴马小型猪具有与人同源性较高的MHC遗传结构，显示该猪种在人-猪异种移植领域中有着潜在的利用价值。

Abstract: The study aimed to elucidate the structures of SLA Class Ⅱ genes of Guangxi Bama Minipigs and the potential in pigs to humans xenotransplantation. 4 specimens of ear tissues were sampled from four Guangxi Bama Minipigs, and the classical swine leukocyte antigens class Ⅱ genes (SLA-DRA, SLA-DRB1, SLA-DQA, SLA-DQB1) were amplified by PCR after reverse transcription. Purified products were cloned into pMD18-T vectors and bi-directional sequenced. Analyzing obtained sequences by BLAST in NCBI, a total of eight alleles were found, and five alleles have been found in previous reports, the other three were novel. From the homology analysis between alleles of SLA and HLA in GenBank and phylogenetic trees analysis, the results showed that the Guangxi Bama Minipigs possessed high homologous in MHC information with human, and indicated that Guangxi Bama minipigs would have potential utilization values in the study of pig to human xenotransplantation.

中图分类号:

S828
Q523.1

刘子展, 王在贵, 李奎, 郭亚芬, 王爱德, 张玉琼, 杨述林. 广西巴马小型猪白细胞抗原经典Ⅱ类基因克隆及生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(9): 1353-1359.

LIU Zi-Zhan, WANG Zai-Gui, LI Kui, GUO Ya-Fen, WANG Ai-De, ZHANG Yu-Qiong, YANG Shu-Lin. Cloning and Bioinformatics Analysis of Swine Leukocyte Antigens ClassⅡ Genes in Guangxi Bama Minipigs[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2012, 43(9): 1353-1359.

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参考文献

［1］RENARD C，HART E，SEHRA H，et al. The genomic sequence and analysis of the swine major histocompatibility complex ［J］. Genomics，2006，88:96-110.

［2］SMITH D M，LUNNEY J K，HO C S，et al. Nomenclature for factors of the swine leukocyte antigen class II system, 2005 ［J］. Tissue Antigens，2005，66:623-639.

［3］HO C S，LUNNEY J K，ANDO A，et al. Nomenclature for factors of the SLA system, update 2008 ［J］. Tissue Antigens，2009，73:307-315.

［4］VAIMAN M，RENARD C，LAFAGE P，et al. Evidence for a histocompatibility system in swine（SLA-A）［J］. Transplantation，1970，10:155-164.

［5］CHARDON P，RENARD C，VAIMAN M. The major histocompatibility complex in swine ［J］. Immunol Rev，1999，14:179-192.

［6］SMITH D M, MARTENS G W，HO C S，et al. DNA sequence based typing of swine leukocyte antigens in Yucatan Miniature Pigs ［J］. Xenotransplantation，2005，12: 481-488.

［7］KLEIN J，FIGUEROA F. Evolution of the major histocompatibility complex ［J］. Immunogenetic，1986，6:295-386.

［8］易德桥，范晶，杨秀荣，等. 广西巴马小型猪GHR基因克隆及部分序列的PCR-SSCP分析［J］. 广西农业科学，2009，40:752-755.

［9］高凤山，姜平，李新生，等. 我国巴马小型猪SLA2基因克隆及分子特征［J］. 微生物学通报，2007，34:686-690.

［10］李华，于辉，蒋岸岸，等. 滇南小耳猪与巴马小型猪SLA_DQA基因多态分析［J］. 畜牧兽医学报，2006，37:430-435.

［11］陈江伟，郭亚芬，兰干球，等. 广西巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2的多态性研究［J］. 广西农业科学，2010，41:824-826.

［12］JARVI S I，TARR C L，MCLNTOSH C E，et al. Natural selection of the major histocompatibility complex (Mhc) in Hawaiian honeycreepers (Drepanidinae) ［J］. Mol Ecol，2004，13:2157-2168.

［13］HO C S，FRANZO-ROMAIN M H，LEE Y J，et al. Sequence-based characterization of swine leucocyte antigen alleles in commercially available porcine cell lines ［J］. Int J Immunogenet，2009，36:231-234.

［14］BARBISAN F，SAVIO C，BERTORELLE G，et al. Duplication polymorphism at MHC class II DRB1 locus in the wild boar (Sus scrofa) ［J］. Immunogenetics，2008，61:145-151.

［15］莫斯科，房永祥，冯海燕，等. 猪白细胞抗原复合体I类和II类研究进展［J］. 生物技术通报，2009，20:895-900.

[1]	宋欣，曹随忠，张龙超，等. 猪红细胞生成素受体基因突变与血常规性状关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(11): 1697-1702.
[2]	戴建军，吴彩凤，张廷宇，张树山，徐利，张德福. 3种冷冻方法对猪MII期卵母细胞线粒体分布和损伤的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(10): 1525-1530.
[3]	马小军，程笃学，王立刚，刘欣，宋欣，梁晶，张龙超. 利用超声波图像活体预测北京黑猪肌内脂肪含量[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(10): 1511-1518.
[4]	蒋成兰，邢凤，徐云华，王猛，李艳平. 猪NMMHC-ⅡA基因功能区的克隆及表达特征分析[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(10): 1519-1524.
[5]	李梦云，余冰，陈代文. 饲粮中添加二甲双胍对猪PRKAG3基因表达量及肉质的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(10): 1566-1572.
[6]	王淑燕，霍金龙，王配，潘伟荣，曾养志. 版纳微型猪近交系生长激素基因克隆及原核表达研究[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(10): 1669-1676.
[7]	胡艳霞, 曾勇庆, 崔志峰, 杨伦, 陈伟, 陈其美, 石元, 祝洪磊. 莱芜猪前体脂肪细胞的原代培养及诱导分化研究[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(9): 1346-1352.
[8]	叶雷, 李红, 魏红江, 许成盛, 卿玉波, 潘伟荣, 李鸿辉, 成文敏. 成年版纳微型猪近交系克隆猪的制备[J]. 畜牧兽医学报, 2012, 43(9): 1491-1498.