miRNA-34基因家族进化分析及其在鹅生殖周期内的表达变化

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2016.02.007

畜牧兽医学报 ›› 2016, Vol. 47 ›› Issue (2): 260-267.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2016.02.007

miRNA-34基因家族进化分析及其在鹅生殖周期内的表达变化

刘然^1，2#，张惠子^1#，云皓琪¹，陈阳^1，2，黄正洋^1，2，张扬^1，2，徐琪^1，2，陈国宏^1，2*

（1.扬州大学动物科学与技术学院，扬州 225009； 2.江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室，扬州 225009）

收稿日期:2015-06-10 出版日期:2016-02-23 发布日期:2016-02-23
通讯作者: 陈国宏，E-mail：ghchen@yzu.edu.cn
作者简介:刘然（1990-），女，山东济宁人，硕士生，主要从事动物遗传育种与繁殖方面研究，E-mail:betterlr@163.com；张惠子（1993-），女，江苏连云港人，本科生，主要从事动物科学研究，E-mail：15396752381@163.com。刘然和张惠子为并列第1作者
基金资助:
江苏省高等学校大学生创新创业训练计划项目（201411117050Y）；现代农业产业技术体系建设专项CARS-43-3）；江苏高校优势学科建设工程资助项目（苏政办发［2011］137号）

Molecular Evolution Analyzing of miRNA-34 Gene Family and Its Expression in Goose Reprodutive Cycle

LIU Ran^1，2# ，ZHANG Hui-zi^1# ，YUN Hao-qi¹，CHEN Yang^1，2，HUANG Zheng-yang^1，2，ZHANG Yang^1，2，XU Qi^1，2，CHEN Guo-hong^1，2*

（1.College of Animal Science and Technology，Yangzhou University，Yangzhou 225009，China；2.Jiangsu Key Laboratory of Animal Genetics & Breeding and Molecular Design，Yangzhou 225009，China）

Received:2015-06-10 Online:2016-02-23 Published:2016-02-23

摘要/Abstract

摘要：

旨在探明miRNA-34基因家族（miRNA-34s）系统进化历程及其在鹅生殖周期内的表达变化规律。通过文献和miRBase数据库检索脊椎动物的miRNA-34s序列，利用Ensembl数据库信息，确定miRNA-34s在基因组中的位置，采用MEGA 6.0构建miRNA-34s的系统进化树；并利用RT-qPCR检测鹅卵巢组织miRNA-34s在生殖周期内的表达变化。结果在脊椎动物中共搜索70余条miRNA-34s序列，miRNA-34s 3个成员（miRNA-34a、miRNA-34b和miRNA-34c）在脊椎动物中分布广泛，高度保守，均位于基因间隔区（Intergenic region，IGR )，且miRNA-34b和miRNA-34c两个基因位于同一染色体上，在进化过程中紧密相连，可能是由于串联重复所致。RT-qPCR检测结果显示，miRNA-34s 3个成员在鹅的开产前期、排卵期、排卵后期和就巢期卵巢组织中表现出相同趋势的表达，即在排卵期、排卵后期表达水平高于或显著高于开产前期和就巢期。miRNA-34家族在进化中高度保守，且在调控鹅生殖周期中发挥一定的作用。

关键词: 鹅, miRNA-34, 进化, 定量表达

Abstract:

This experiment was conducted to investigate the miRNA-34 gene family evolutionary process and its expression regularity in goose reproductive cycle.The miRNA-34 genes were searched in literatures and miRBase.It’s genes were located by Ensemble database，and its phylogenetic tree was constructed by MEGA 6.0.In addition，the expression level of miRNA-34s was detected in ovarian tissue of goose reproductive cycle using RT-qPCR.A total 70 sequences in 27 species which indicated the extensive existence of miRNA-34s(miRNA-34a，miRNA-34b and miRNA-34c) in different species.The analysis of gene localization showed all miRNA-34 genes were located on the intergenic region(IGR).miRNA-34b and miRNA-34c shared on the same chromosome and they were closely linked in evolutionary process，which maybe caused by tandem repeats.Besides，the similar expression of miRNA-34s were detected in goose ovary tissues of pre-laying stage，ovulation，oviposition，and the broody phase.More miRNA-34s expression was detected at ovulation，oviposition than that in pre-laying and broody phase period.The miRNA-34s are highly conservative in evolution process，and play a role in regulation reproductive activity in goose.

Key words: goose, miRNA-34, evolution, quantitative expression

中图分类号:

S835.2

刘然，张惠子，云皓琪，陈阳，黄正洋，张扬，徐琪，陈国宏. miRNA-34基因家族进化分析及其在鹅生殖周期内的表达变化[J]. 畜牧兽医学报, 2016, 47(2): 260-267.

LIU Ran，ZHANG Hui-zi，YUN Hao-qi，CHEN Yang，HUANG Zheng-yang，ZHANG Yang，XU Qi，CHEN Guo-hong. Molecular Evolution Analyzing of miRNA-34 Gene Family and Its Expression in Goose Reprodutive Cycle[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2016, 47(2): 260-267.

参考文献

［1］GREGORY R I，CHENDRIMADA T P，COOCH N，et al.Human RISC couples microRNA biogenesis and post transcriptional gene silencing［J］. Cell，2005，123(4)：631-640.
［2］罗丹丹，罗玉萍，彭娟，等.miRNA-9基因家族进化分析及其靶基因预测［J］.中国细胞生物学学报，2011，33(5)：510-519.
LUO D D，LUO Y P，PENG J，et al.Molecular evolution of miRNA-9 gene family and prediction of their target genes［J］.Chinese Journal of Cell Biology，2011，33(5)：510-519.(in Chinese)
［3］BOUHALLIER F，ALLIOLI N，LAVIAL F，et al.Role of miR-34c microRNA in the late steps of spermatogenesis［J］.RNA，2010，16(4)：720-731.
［4］LIN W M，PANG R T，CHIU P C，et al.Sperm-borne microRNA-34c is required for the first cleavage division in mouse［J］.Proc Natl Acad Sci USA， 2012，109(2)：490-494.
［5］SONI K，CHOUDHARY A，PATOWARY A，et al.miR-34 is maternally inherited in Drosophila melanogaster and Danio rerio［J］.Nucleic Acids Res， 2013，41(8)：4470-4480.
［6］TSCHERNER A，GILCHRIST G，SMITH N，et al.MicroRNA-34 family expression in bovine gametes and preimplantation embryos［J］.Reprod Biol Endocrinol， 2014，12：85.
［7］杨蕊珂，杨丽红，王淑辉，等.微小核糖核酸-34a对大鼠肥厚心肌组织肌球蛋白重链α基因表达的调控［J］.中国循环杂志，2014，29(2)：138-141.
YANG R K，YANG L H，WANG S H，et al.Regulation of microRNA-34a on myosin heavy chain-α expression in rats with left ventricular hypertrophic tissue［J］.Chinese Circulation Journal，2014，29(2)：138-141.(in Chinese)
［8］钟金发，汤爱萍.DNA甲基化与miR-34b表达及生物学功能的关系［J］.肿瘤防治研究，2013，40(11)：1105-1108.
ZHONG J F，TANG A P.Biological relations between DNA methylation and miR-34b expression［J］.Cancer Research Journal，2013，40(11)：1105-1108.(in Chinese)
［9］DUTTA K K，ZHONG Y，LIU Y T，et al.Association of microRNA-34a overexpression with proliferation is cell type-dependent［J］.Cancer Sci，2007，98(12)：1845-1852.
［10］王勃.miR-34c和miR-449b对牛体细胞克隆胚早期发育的影响［D］.杨凌：西北农林科技大学，2014.
WANG B.Affects of miR-34c and miR-449b on the development of early bovine somatic cell nuclear transfer embryos［D］Yangling：Northwest A&F University，2014.(in Chinese)
［11］江雯.IVF患者精子miR-21，miR-34c，miR-140，miR-375与卵裂期胚胎质量的相关性研究［D］.长沙：中南大学，2013.
JIANG W.The correlation research of the IVF patients’ miR-21，miR-34c，miR-140 and miR-375 expression in the sperm and cleavage stage embryo quality［D］.Changsha：Central South University，2013.(in Chinese)
［12］XU Q，ZHANG Y，CHEN Y，et al.Identification and differential expression of microRNAs in ovaries of laying and Broody geese (Anser cygnoides) by Solexa sequencing［J］. PLoS One，2014，9(2)：e87920.
［13］GU L，XU T，HUANG W，et al.Identification and profiling of microRNAs in the embryonic breast muscle of pekin duck［J］.PLoS One，2014，9(1)：e86150.
［14］ZHANG L，NIE Q，SU Y，et al.MicroRNA profile analysis on duck feather follicle and skin with high-throughput sequencing technology［J］. Gene，2013，519(1)：77-81.
［15］高佳莉，罗玉萍，李思光.miR-34基因家族的分子进化［J］.动物学研究，2007，28(3)：271-278.
GAO J L，LUO Y P，LI S G.Molecular Evolution of miR-34 gene family［J］.Zoological Research，2007，28(3)：271-278.(in Chinese)
［16］HERTEL J，LINDEMEYER M，MISSAL K，et al.The expansion of the metazoan microRNA repertoire［J］. BMC Genomics，2006，7：25.
［17］李定健.鹅发育期和繁殖周期生殖激素变化的研究进展［J］.湖南农业科学，2012(22)：26-28.
LI D J.Progress on reproductive hormones during the development period and the reproductive cycle of geese［J］.Hunan Agricultural Sciences，2012(22)：26-28.(in Chinese)
［18］BU S Z，YIN D L，REN X H，et al.Progesterone induces apoptosis and up-regulation of p53 expression in human ovarian carcinoma cell lines［J］.Cancer，1997，79(10)：1944-1950.

[1]	张剑搏, 丁学智, Anum Ali Ahmad, 李晨, 梁泽毅, 杜梅, 阎萍. 高原土著动物适应性进化的研究进展[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(9): 1723-1736.
[2]	甘翔, 王继文, 李琴, 邓艳, 胡继伟, 李亮, 韩春春. 鹅成熟卵泡壁层组织动态发育特点-卵泡发育与分级的新视角[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(8): 1607-1613.
[3]	甘翔, 王继文, 李琴, 邓艳, 胡继伟, 李亮, 韩春春. 鹅成熟卵泡壁层组织动态发育特点-卵泡发育与分级的新视角[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(8): 1607-1613.
[4]	刘同君, 赵盼, 赵敏孟, 刘龙, 崔恒宓, 龚道清, 耿拓宇. 内质网应激标记基因Grp78参与鹅肥肝免疫/炎症状态的调控[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(4): 727-737.
[5]	许程志, 吴运谱, 贾云慧, 杨时鳗, 何利昆, 陈艳, 周晨阳, 杨焕良, 乔传玲, 陈化兰. 一株重配型H1N2猪流感病毒的进化分析及对小鼠的致病性[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(4): 802-810.
[6]	刘同君, 赵盼, 赵敏孟, 刘龙, 崔恒宓, 龚道清, 耿拓宇. 内质网应激标记基因Grp78参与鹅肥肝免疫/炎症状态的调控[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(4): 727-737.
[7]	许程志, 吴运谱, 贾云慧, 杨时鳗, 何利昆, 陈艳, 周晨阳, 杨焕良, 乔传玲, 陈化兰. 一株重配型H1N2猪流感病毒的进化分析及对小鼠的致病性[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(4): 802-810.
[8]	王惠影, 郭保地, 何大乾, 龚绍明, 刘毅, 李光全, 徐琪, 陈国宏. 饲粮蛋氨酸对鹅再生羽绒品质、血清指标及基因mRNA表达量的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 323-331.
[9]	何世成, 彭志, 王卫国, 唐小明, 鲁杏华, 林源, 邓国华, 王昌建. 2011-2015年环洞庭湖区H3亚型禽流感病毒的分离鉴定与遗传演化[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 382-389.
[10]	王惠影, 郭保地, 何大乾, 龚绍明, 刘毅, 李光全, 徐琪, 陈国宏. 饲粮蛋氨酸对鹅再生羽绒品质、血清指标及基因mRNA表达量的影响[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 323-331.
[11]	何世成, 彭志, 王卫国, 唐小明, 鲁杏华, 林源, 邓国华, 王昌建. 2011-2015年环洞庭湖区H3亚型禽流感病毒的分离鉴定与遗传演化[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(2): 382-389.
[12]	潘耀谦, 孔令芸, 李鹏, 岳峰, 吴玉平, 刘兴友. 一种新型无钩豆状囊尾蚴的鉴定和18S DNA序列分析[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(11): 2283-2289.
[13]	孙璐, 任祯慧, 宋润杰, 权海云, 焦韵洁, 黄竹涛, 王敬龙, 赵宝玉, 路浩. 毛序棘豆内生真菌分离鉴定及系统进化分析[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(9): 2025-2035.
[14]	甘心梦, 陈凯文, 刘贺贺, 李彦莹, 王继文, 李亮, 白丽丽. TLRs基因家族在鸭法氏囊中的表达模式及分子进化分析[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(9): 1851-1860.
[15]	任爱珍, 白东义, 赵一萍, 侯娜, 芒来. 基于高速双倍自助法对蒙古马系统发育树的研究[J]. 畜牧兽医学报, 2018, 49(9): 1861-1869.

miRNA-34基因家族进化分析及其在鹅生殖周期内的表达变化

Molecular Evolution Analyzing of miRNA-34 Gene Family and Its Expression in Goose Reprodutive Cycle

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价