内蒙古地区猪腹泻相关病毒的检测与分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.09.018

摘要/Abstract

摘要：

旨在明确引起内蒙古地区猪腹泻的主要相关病毒及其流行特点，为该病的防控提供依据。采用多重RT-PCR方法对从内蒙古8个盟市采集的394份腹泻粪样进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（PoRV）三种病毒的检测；对部分 PCR检测呈阳性的病料进行PEDV M基因的克隆、测序，并与国内外已报道的48条M基因序列进行比对和遗传进化分析。检测结果表明：PEDV、PoRV阳性率分别为63.96%、2.03%,未检测到TGEV；PEDV和PoRV混合感染率为2.03％；各日龄猪群均可发病，但以未断乳仔猪和哺乳母猪感染率较高；遗传进化分析结果表明：CH/NMG/XLGL分离株与CV777等经典毒株亲缘关系较近，位于G2分支上；其余7条分离毒株与2012年以来国内多个省市的流行毒株及泰国、韩国、俄罗斯、越南等邻国的流行毒株位于G1-1分支上，特别是与美国2013—2014年流行的毒株亲缘关系更为密切，核苷酸序列相似性为99.5%～100%。从2013年至今导致内蒙古地区猪腹泻的病毒主要是PEDV，其次是PoRV；不同日龄的猪群均可感染，以未断乳的仔猪感染最为严重；获得的大部分流行毒株与我国2012年至今的大部分省市的流行毒株亲缘性较高，但与我国2007年以前分离的内蒙毒株、疫苗株、经典毒株相距较远，并存在碱基突变的情况。

关键词: 猪流行性腹泻病毒, 猪传染性胃肠炎病毒, 猪轮状病毒, RT-PCR, M基因, 内蒙古

Abstract:

The research aimed to understand the main pathogens of pigs diarrhea virus found in Inner Mongolia in order to provide theoretical basis for pig diarrhea control and prevention.Through the Multiple RT-PCR method，the porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)，transmissible gastroenteritis virus (TGEV)，and porcine rotavirus (PoRV) from 394 tissue samples collected from the pig farms in 8 cities of Inner Mongolia were tested.M gene of the PEDV positive materials were cloned and analyzed along with the sequence alignment and phylogenetic trees of 48 M gene sequences from other domestic and international.The tested results indicated that the positive rates of PEDV and PoRV were 63.96% and 2.03%，respectively，yet the TGEV tested negative，The Mixed infection rate of PEDV and PoRV was 2.03%.Phylogenetic analysis indicated that CH/NMG/ XLGL strain stayed close relative with classic strains such as CV777，located at G2.The rest of the strains stayed close relatives with the domestic many provinces before 2012，and Thailand，South Korea，Russia，Vietnam and other neighboring countries were same branch，G1-1.United States，in particular，the nucleotide sequence homology was 99.5%-100%.From 2013 until now，the main pathogeny for pig diarrhea in Inner Mongolia was PEDV，followed by PoRV.The infection degree was different in varying cities，and pigs of all ages can be infected，especially the suckle pigs and the sow.Most of the prevalent strains exhibited higher affinity with the strains isolated from the most provinces and cities domestic since 2012，but the stains were far apart from Inner Mongolia strains isolated before 2007，vaccine strains and classic strains，and some sites appeared base mutations.

Key words: porcine epidemic diarrhea virus, transmissible gastroenteritis virus, porcine rotavirus, RT-PCR, M gene, Inner Mongolia

中图分类号:

S858.285.3

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