关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.07.025

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (7): 1259-1267.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.07.025

关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选

张雯^1，2，许厚强^1，2*，陈伟^1，2，3，陈祥^1，2，桓聪聪^1，2，3，夏丹^1，2，周迪^1，2

（1.贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室，贵阳 550025；2.贵州大学动物科学学院，贵阳 550025；3.贵州大学生命科学学院，贵阳 550025）

收稿日期:2014-09-03 出版日期:2015-07-23 发布日期:2015-07-20
通讯作者: 许厚强，博士，教授，主要从事细胞分子生物学研究，E-mail：houqiang0524@yahoo.com
作者简介:张雯（1989-），女，四川达州人，研究生，主要从事动物遗传育种与种质资源创新研究，E-mail: aszhangwen@sina.com
基金资助:
国家转基因生物新品种培育重大专项（2013ZX08009-004）；黔科合重大专项贵州畜禽种质资源保存、创新与利用（字［2013］6008号）；贵州省科技厅农业攻关项目（黔科合NY字［2012］3008号）；贵州大学研究生创新基金（研农2014021）

The Screening of Transcription Factor Binding Sites of MyoDI Promoter in Guanling Cattle

ZHANG Wen^1，2，XU Hou-qiang^1，2* ，CHEN Wei^1，2，3，CHEN Xiang^1，2，HUAN Cong-cong^1，2，3，XIA Dan^1，2，ZHOU Di^1，2

（1.Key Laboratory of Animal Genetics，Breeding and Reporduction in the Plateau Mountainous Region of Ministry of Education，Guizhou University，Guiyang 550025，China； 2.College of Animal Science,Guizhou University,Guiyang 550025,China;3.College of Life Science，Guizhou University，Guiyang 550025，China）

Received:2014-09-03 Online:2015-07-23 Published:2015-07-20

摘要/Abstract

摘要：

本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列，设计特异性PCR引物，扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区，构建重组克隆载体pUCM-T-MyoDI -pro，并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果，筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献，最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点，这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示，关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。

关键词: MyoDI基因, 转录因子结合位点, 启动子, 细胞核提取物, 生物信息学分析

Abstract:

This experiment was conducted to screen the transcription factor binding sites of MyoDI promoter in Guizhou Guanling cattle．According to the sequence of bovine MyoDI gene published in GenBank，the specific primer was designed to amplify the promoter region of MyoDI gene in Guanling cattle．The PCR products was used to construct the recombinant cloning vector pUCM-T-MyoDI-pro．Positive plasmids were authenticated by sequencing.Then screening experiment and bioinformatics analysis were applied to screen the transcription factor binding sites of MyoDI promoter in Guanling cattle．The results showed that the transcription factor binding sites of MyoDI promoter in Guizhou Guanling cattle had SATB1，Xbp，MEF2，Pax-3，Pbx1，PPAR，TFⅡD，COUP-TF，Gfi-1，HNF-1，HOX4C，NRF2(ARE)，MEF1，RXR，SMUC，Snail，MyoD and VDR．Combined with online software analysis and literature，we ultimately screened out the MyoD，TFIID，Pax3，MEF1，VDR and MEF2 in MyoDI promoter.These transcription factors play an important role in regulation of promoter activity．The result indicate that the Guanling cattle MyoDI promoter contain MyoD，TFIID，Pax3，MEF1，VDR and MEF2 transcription factor binding sites.

Key words: MyoDI gene, transcription factor binding sites, promoter, nuclear extracts, bioinformatics analysis

中图分类号:

S823.2

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关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选

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