基于GWAS后分析策略研究TRAPPC9基因对奶牛产奶性状的遗传效应

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.01.008

摘要/Abstract

摘要：

本研究基于课题组前期对北京地区中国荷斯坦牛群体产奶性状全基因组关联分析结果，在新的中国荷斯坦牛群中将转运蛋白颗粒复合体9（TRAPPC9）基因作为产奶性状的候选基因进行遗传效应验证。研究利用混池测序寻找SNPs位点，结合前期GWAS结果筛选到的SNPs位点，进而分析这些多态性位点与中国荷斯坦牛产奶性状的相关性。结果发现，SNP1、SNP2位点对乳蛋白率和乳糖率效应均显著（P<0.05）；SNP3位点对乳脂率和乳蛋白率的效应均极显著（P<0.01）；SNP4位点对乳脂率有极显著影响（P<0.01）；SNP5位点对乳脂率和乳糖率的效应显著（P<0.05）。同时发现TRAPPC9基因的表达量对产奶性状也有显著影响（P<0.05），而TRAPPC9基因启动子区DNA甲基化对产奶性状无直接显著影响。该结果进一步表明，TRAPPC9基因可以考虑作为分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择。

关键词: 产奶性状, TRAPPC9基因, SNP, DNA甲基化

Abstract:

Based on the result of the previous genome-wide association study(GWAS) for milk production traits in Beijing Chinese Holstein population，trafficking protein particle complex 9(TRAPPC9) as a novel candidate gene for milk production traits was confirmed in new Chinese Holstein population.Promoter，exon and GWAS’s significant region was amplified and sequenced by screening the DNA pools to select single nucleotide polymorphisms(SNP) and analyze their association with milk production traits of Chinese Holstein population.The association analysis showed that the genotypes of SNP1 had significant effect on protein percentage(PP) and lactose percentge(LP)(P<0.01)；the genotypes of SNP2 had significant effect on PP and LP(P<0.05)；the genotypes of SNP3 had significant effect on fat percent(FP) and PP(P<0.01)；the genotypes of SNP4 had significant effect on FP(P<0.01)；the genotypes of SNP5 had significant effect on FP and LP(P<0.05).The expression of TRAPPC9 also had significant effect on milk production traits，but the DNA methylation of promoter region of TRAPPC9 had no direct effect.In conclusion，TRAPPC9 gene can be considered as a molecular marker applied to Chinese Holstein marker-assisted selection.

Key words: milk production trait, TRAPPC9 gene, SNP, DNA methylation

中图分类号:

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