猪流行性腹泻病毒S、N和ORF3基因的遗传变异分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2014.11.013

畜牧兽医学报 ›› 2014, Vol. 45 ›› Issue (11): 1830-1836.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.11.013

猪流行性腹泻病毒S、N和ORF3基因的遗传变异分析

王隆柏¹，林裕胜^1，2，车勇良¹，吴学敏¹，陈如敬¹，邵良平²，周伦江^1*

（1.福建省农业科学院畜牧兽医研究所，福州 350013；2.福建农林大学动物科学院，福州 350002）

收稿日期:2014-03-27 出版日期:2014-11-23 发布日期:2014-11-24
通讯作者: 周伦江（1973-），男，福建周宁人，研究员，E-mail：lunjiang@163.com
作者简介:王隆柏（1977-），男，福建宁化人，副研究员，主要从事分子生物学与免疫学研究
基金资助:
福建省公益性科研专项（2013R1025-7）；福建省农科院青年创新基金项目（2012DQB-3）

Genetic Variation Analysis of S，N and ORF3 Genes of Porcine Epidemic Diarrhea Virus

WANG Long-bai¹，LIN Yu-sheng^1,2，CHE Yong-liang¹，WU Xue-min¹，CHEN Ru-jing¹，SHAO Liang-ping²，ZHOU Lun-jiang^1*

（1.Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine，Fujian Academy of Agricultural Sciences，Fuzhou 350013，China；2.College of Animal Science，Fujian Agricultural and Forestry University，Fuzhou 350002，China)

Received:2014-03-27 Online:2014-11-23 Published:2014-11-24

摘要/Abstract

摘要：

为探明2012—2013年在福建省流行猪流行性腹泻病毒（PEDV）结构蛋白的遗传变异情况，对7株PEDV流行毒株的S、N及ORF3基因进行克隆、测序及分析。结果表明：7株PEDV S基因之间的核苷酸相似性为98.6％～99.4％，与attenuated DR13弱毒株和CV777标准株的相似性分别为93.7％～94.1％和93.8％～94.1％；同CV777标准株比较，存在64个氨基酸突变，其中有3个氨基酸较以往国内外流行毒株的变异不一样，为新变异氨基酸，氨基酸的插入和缺失与2008年泰国NPPED2008_2 株相似；7株PEDV毒株的N基因和ORF3基因之间核苷酸的相似性分别为96.5％～99.7％和99.7％～100％，与CV777标准株的相似性分别为96.6％～98.0％和96.6％～96.9％。遗传进化树表明：7株PEDV毒株的S基因和ORF3基因与泰国流行毒株的亲缘关系较近，N基因与CV777标准株亲缘关系较近。7株PEDV毒株的S基因和ORF3基因变异程度较大，可能源于泰国及韩国的变异株。

关键词: 猪流行性腹泻病毒, S基因, N基因, ORF3基因, 变异分析

Abstract:

To investigate the variation in structure protein of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV)，S，N and ORF3 genes of 7 PEDV strains were cloned and sequenced from different farms in Fujian in 2012-2013. The results indicated that the nucleotide sequences of S gene shared 98.6%-99.4% identity within them，shared 93.7%-94.1% identity with attenuated DR13 strain，shared 93.8%-94.1% identity with CV777 strain. Compared with CV777 strain，there were 64 variant amino acids，and 3 amino acids different from other prevalent strains at home and abroad，and might be new variations，and 5 amino acids insertion，and 2 amino acids deletion. The amino acids insertion and deletion were similar to NPPED2008_2 strain isolated in Thailand. The nucleotide sequence of N and ORF3 genes shared 96.5%-99.7% and 99.7%-100% identity within them，and shared 96.6%-98.0% and 96.6%-96.9% identity with CV777 strain，respectively. Phylogenetic analysis indicated that S and ORF3 genes of the 7 PEDV strains had a closer relationship with the Thailand strain，and N gene had a closer relationship with the CV777 strain. The results showed that S and ORF3 genes of the 7 PEDV strains varied greatly，and these strains might origin from Thailand and Korea strains.

Key words: porcine epidemic diarrhea virus, S gene, N gene, ORF3 gene, genetic variation analysis

中图分类号:

S852.659.6

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WANG Long-bai，LIN Yu-sheng，CHE Yong-liang，WU Xue-min，CHEN Ru-jing，SHAO Liang-ping，ZHOU Lun-jiang. Genetic Variation Analysis of S，N and ORF3 Genes of Porcine Epidemic Diarrhea Virus[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2014, 45(11): 1830-1836.

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猪流行性腹泻病毒S、N和ORF3基因的遗传变异分析

Genetic Variation Analysis of S，N and ORF3 Genes of Porcine Epidemic Diarrhea Virus

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