6株T4类噬菌体尾丝蛋白gp37基因密码子特性比较

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2014.08.018

畜牧兽医学报 ›› 2014, Vol. 45 ›› Issue (8): 1330-1335.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.08.018

6株T4类噬菌体尾丝蛋白gp37基因密码子特性比较

逯凯，韩姗姗，张灿^*，刘文华，邹玲，温建新，任慧英^*

（青岛农业大学动物科技学院，青岛 266109）

收稿日期:2013-12-27 出版日期:2014-08-23 发布日期:2014-08-22
通讯作者: 任慧英，E-mail：renren0228@sina.com；张灿，E-mail：cleverflame@163.com
作者简介:逯凯(1988-)，山东桓台人，硕士，主要从事兽医微生物学与免疫学研究，E-mail：kevin06012006@126.com；韩姗姗（1987-），女，山东邹平人，硕士生，主要从事兽医微生物与免疫学研究，E-mail：hsshyr@126.com，二人对本文有相同贡献，并列第一作者
基金资助:
山东省自然科学基金（ZR2009DM009；ZR2013CQ024）

Comparation of Codon Usage in Gene gp37 between Six T4-like Phages

LU Kai，HAN Shan-shan，ZHANG Can^*，LIU Wen-hua，ZOU Ling，WEN Jian-xin，REN Hui-ying^*

(College of Animal Science and Technology，Qingdao Agricultural University，Qingdao 266109，China)

Received:2013-12-27 Online:2014-08-23 Published:2014-08-22

摘要/Abstract

摘要：

利用多种生物信息学软件对本实验室分离的1株T4类多价烈性噬菌体Bp7尾丝蛋白gp37基因与其他5株T4类噬菌体gp37基因进行密码子特征的分析比较。结果显示：Bp7与其他5株T4类噬菌体gp37基因密码子使用模式基本一致；Bp7尾丝蛋白gp37基因密码子偏好性较低，且偏爱使用以A或U为结尾的密码子；除AUG（Met）和UGG（Trp）外，确定了17种高频密码子；6株菌体gp37之间密码子偏好性比较发现，Bp7与JS98密码子使用最相近，与T4和T4T相对较远；gp37基因密码子的使用模式可能受中性突变和选择压力的共同作用。gp37基因密码子的分析结果将为Bp7尾丝蛋白的基因改造，以进一步拓宽其裂解谱及提高表达水平提供理论指导。

关键词: 噬菌体, gp37基因, 密码子偏好性, 生物信息学

Abstract:

Polyvalent coliphage Bp7 was isolated and identified as T4-like phage，the codon usage in gene gp37 was analyzed by various bioinformatics softwares.The results were showed as follows：The patterns of codon usage in gene gp37 of phage Bp7 and other 5 T4-like phages were almost similar.In gene gp37 of phage Bp7，the codon bias was a little low，and gp37 seemed like using A or U ending codon；17 kinds of high-frequency codons were identified except AUG (Met) and UGG (Trp).The codon bias comparison of gp37 among phage Bp7 and other 5 phages showed that codon usage in Bp7 was most similar to JS98，a little far from T4 and T4T relatively.The codon usage patterns of gp37 may be influenced not only by selection pressure，but also by neutral mutation.The results of anlysis of gp37 codons will benefit to the modification of tail fiber protein of Bp7 and further broaden the host range of phage Bp7，and improve the level of gp37 expression as well.

Key words: phage, gp37, codon bias, bioinformatics

中图分类号:

Q754

逯凯，韩姗姗，张灿，刘文华，邹玲，温建新，任慧英. 6株T4类噬菌体尾丝蛋白gp37基因密码子特性比较[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(8): 1330-1335.

LU Kai，HAN Shan-shan，ZHANG Can，LIU Wen-hua，ZOU Ling，WEN Jian-xin，REN Hui-ying. Comparation of Codon Usage in Gene gp37 between Six T4-like Phages[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2014, 45(8): 1330-1335.

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