不同猪源脑心肌炎病毒的分离、鉴定和全基因组序列分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2014.06.015

畜牧兽医学报 ›› 2014, Vol. 45 ›› Issue (6): 967-973.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.06.015

不同猪源脑心肌炎病毒的分离、鉴定和全基因组序列分析

常洪涛¹，刘慧敏²，陈陆¹，杨霞¹，赵军¹，王新卫¹，姚惠霞¹，王川庆^1*

（1.河南农业大学牧医工程学院，郑州 450002； 2.中国科学院动物研究所，北京 100101）

收稿日期:2013-12-19 出版日期:2014-06-23 发布日期:2014-06-23
通讯作者: 王川庆，博士，教授，E-mail：wchuanq@163.com
作者简介:常洪涛（1978-），男，河南商丘人，博士生，讲师，主要从事动物传染病免疫防治研究， E-mail:ndcht@163.com。常洪涛和刘慧敏并列第一作者
基金资助:
国家自然科学基金（31272567）

Isolation，Identification and Full Length Genome Sequence Analysis of EMCV from Different Pig Source

CHANG Hong-tao¹，LIU Hui-min²，CHEN Lu¹，YANG Xia¹，ZHAO Jun¹，WANG Xin-wei¹，YAO Hui-xia¹，WANG Chuan-qing^1*

（1.College of Animal Husbandry and Veterinary,Henan Agricultural University，Zhengzhou 450002， China；2.Institute of Zoology， Chinese Academy of Sciences，Beijing 100101， China）

Received:2013-12-19 Online:2014-06-23 Published:2014-06-23

摘要/Abstract

摘要：

为研究脑心肌炎病毒（encephalomyocarditis virus，EMCV）对不同猪种的感染情况，本研究应用改进的“细胞接种与RT-PCR方法相结合”技术，成功分离到中国国内首株地方土猪源EMCV、首株家养野猪源EMCV和3株良种猪源EMCV，并进行了全基因组序列测定和分析。结果显示，5株EMCV分离毒株的基因组全长7 724～7 735 bp，彼此间核苷酸相似性为99.3%～99.8%，与其他不同动物源EMCV参考毒株的相似性为79.9%～99.9%，与国内猪源、鼠源毒株的相似性均在99.4%以上；各基因片段中，以VP1和2A变异幅度最大，VP2和3D最为保守；基于EMCV全基因组、ORF和VP1基因序列绘制的系统发育进化树显示，EMCV可分为 G1、G2和G3 3个群，猪源EMCV主要分布在G1群和G2群，鼠源EMCV 在G1群和G3群中均有分布；5株EMCV分离毒株与其他国内参考毒株同属于G1群。研究结果证实，地方土猪和家养野猪可感染EMCV并引起发病，提醒在进行地方品种养殖和野生动物家养时要充分考虑人兽共患疫病传播的生态学；鼠在不同猪种间交叉感染EMCV时，可能起到重要媒介作用；EMCV流行毒株存在较大的地域差异，其传播具有一定的区域限制性；EMCV在感染不同猪种时可能会发生某些氨基酸突变，以适应新的宿主。

关键词: 脑心肌炎病毒, 不同猪种, RT-PCR, 全基因组, 分子特征分析

Abstract:

The current study was undertaken to study the infection status of EMCV from different pig breed.Modified “cell inoculation and RT-PCR” technology was used，and the 5 EMCV strains were isolated from local pig，domestic boar and improved breed pig.The full length genome of the EMCV strains were acquired and sequenced，and their molecular characteristic were analyzed.The results showed that the full-genome sequence of 5 EMCV isolates were 7724-7735 bp in length，and shared 99.3%-99.8% nucleotide identity each other，79.9%-99.9% identity with reference EMCV strains from different animal sources，and 99.4% with Chinese strains from pig and mice.Among all gene fragments，VP1 and 2A are easy to mutation，VP2 and 3D are most conserved.The phylogenetic tree based on the full length genome，ORF and VP1 gene sequences showed that the EMCV were divided into G1，G2 and G3 groups.The isolates from pig belong to G1 and G2 groups，the ones from mice distribute in G1 and G3 group，5 isolates strains in this study belong to G1 group with other Chinese reference strains.The results identified that the EMCV infection could cause severe clinical symptoms in local pig and domestic boar，which remind us of taking fully consideration of the zoonosis ecology in the course of Wild animal breeding activities.Mice may play an important medium role in incross infection of EMCV at the different pig breed.A big regional difference exists in EMCV and the transmission is limited in a range of area，moreover，some mutation may occur in EMCV infection to adapt new hosts.

Key words: encephalomyocarditis virus, different pig breed, RT-PCR, full length genome, molecular characterization analysis

中图分类号:

S852.659.6

常洪涛，刘慧敏，陈陆，杨霞，赵军，王新卫，姚惠霞，王川庆. 不同猪源脑心肌炎病毒的分离、鉴定和全基因组序列分析[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(6): 967-973.

CHANG Hong-tao，LIU Hui-min，CHEN Lu，YANG Xia，ZHAO Jun，WANG Xin-wei，YAO Hui-xia，WANG Chuan-qing. Isolation，Identification and Full Length Genome Sequence Analysis of EMCV from Different Pig Source[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2014, 45(6): 967-973.

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不同猪源脑心肌炎病毒的分离、鉴定和全基因组序列分析

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