脊椎动物NF-κB1/2基因亚家族分子进化和功能分歧分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.010

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (11): 1987-1993.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.11.010

脊椎动物NF-κB1/2基因亚家族分子进化和功能分歧分析

甘翔，王继文^*，刘贺贺，李亮，孙文强，王郁石，张涛，陈达，黄惠兰

（四川农业大学，畜禽遗传资源发掘与创新利用四川省重点实验室，成都 611130）

收稿日期:2014-12-29 出版日期:2015-11-23 发布日期:2015-11-23
通讯作者: 王继文，博士，教授，主要从事动物遗传育种与繁殖研究，E-mail：wjw2886166@163.com
作者简介:甘翔（1991-），男，广西桂林人，硕士生，主要从事动物遗传育种与繁殖研究，E-mail：ganxiangdk@163.com
基金资助:
国家水禽产业技术体系项目（CARS-43-6）

Molecular Evolution and Functional Differences Analysis of NF-κB1/2 Gene Subfamily of Vertebrate

GAN Xiang，WANG Ji-wen^*，LIU He-he，LI Liang，SUN Wen-qiang，WANG Yu-shi，ZHANG Tao，CHEN Da，HUANG Hui-lan

（Farm Animal Genetic Resources Exploration and Innovation Key Laboratory of Sichuan Province，Sichuan Agricultural University，Chengdu 611130，China）

Received:2014-12-29 Online:2015-11-23 Published:2015-11-23

摘要/Abstract

摘要：

旨在分析NF-κB1/2功能分化原因，定义其各个结构域在其进化历程中的地位，本研究对NF-κB1/2基因进行序列比对，进行了系统发育树的构建与选择压力预测等多种生物信息学技术分析。结果表明，脊椎动物的NF-κB1/2在进化历程中没有出现交织，其中RHD与IPT表现出高度的保守性；ANK在其直系与旁系同源结构中均表现出较大差异；DD在直系同源结构中表现出高度的保守性，在旁系同源结构中则出现了较大的差异。结果提示，在脊椎动物中，NF-κB1/2是一对高度保守的基因，ANK序列的变异是造成NF-κB1/2在脊椎动物中功能分歧的重要原因，DD则很可能对NF-κB1/2基因的分歧有着重要的作用。

Abstract:

The objective of this study was to analyze the reasons of different functions of NF-κB1/2 and to identify the evolutionary status of its domains.The sequence information of NF-κB1/2 was analyzed by following bioinformatic methods，including multiple sequence alignment phylogenetic tree construction and selective pressure prediction.The results showed that there was no intersection among vertebrate NF-κB1/2 during evolution，and RHD and IPT were highly conserved；ANK had diverged among both orthologous and paralogous structures；DD showed a high conservation with orthologous structures but a large difference with paralogous structures.Our results suggested that NF-κB1/2 were highly conservative among vertebrates，and the sequence variation of ANK might be an important factor causing the different functions of NF-κB1/2 in vertebrate，and DD might be one of the reasons for the divergence of NF-κB1/2 genes.

中图分类号:

Q953

甘翔，王继文，刘贺贺，李亮，孙文强，王郁石，张涛，陈达，黄惠兰. 脊椎动物NF-κB1/2基因亚家族分子进化和功能分歧分析[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(11): 1987-1993.

GAN Xiang，WANG Ji-wen，LIU He-he，LI Liang，SUN Wen-qiang，WANG Yu-shi，ZHANG Tao，CHEN Da，HUANG Hui-lan. Molecular Evolution and Functional Differences Analysis of NF-κB1/2 Gene Subfamily of Vertebrate[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(11): 1987-1993.

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