猪繁殖与呼吸综合征是当今世界危害养猪业的非常重要的疫病之一。我国自1995年首次报道本病以来,至今已流行20余年。本文从分子流行病学的角度系统分析我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行历史及现状,希望为PRRSV的防控提供新的视角和参考。当前美洲型(genotype 2)和欧洲型(genotype 1)PRRSV在我国均有流行,基于ORF5基因的序列分析显示,我国美洲型流行毒株分属于lineage 8、lineage 5、lineage 3和lineage 1四个谱系,且当前以lineage 8(highly pathogenic PRRSV-like)和lineage 1(NADC30-like)为主。我国早期毒株BJ-4与VR2332的全基因组相似性为99.6%,提示BJ-4可能为北美输入性毒株。我国欧洲型毒株均属于subtype 1,目前至少有9个省市检测到了欧洲型毒株的流行,与Lelystad virus毒株相比,我国流行毒株的GP5和N蛋白上均具有特有的保守氨基酸位点。