畜牧兽医学报 ›› 2012, Vol. 43 ›› Issue (1): 90-97.doi:
吕占禄,王光祥,尚佑军*,刘湘涛*
LV Zhanlu, WANG Guangxiang, SHANG Youjun*, LIU Xiangtao*
摘要: 参考GenBank上已发表的口蹄疫病毒(FMDV)全长基因组序列,设计了覆盖基因组全长的数对引物,通过RTPCR方法对口蹄疫病毒OT株进行分段克隆及序列测定。结果表明不含poly(C)序列的OT株基因组全序列长8 142 nt,开放读码框(ORF)长6 969 nt、编码2 322 aa,5′UTR长1 004 nt,3′UTR长93 nt,3′UTR之后为23 nt的poly(A)尾巴。应用分子生物学软件将OT株与FMDV其它参考毒株进行序列比对,并对其基因特征进行分析。结果显示,OT株的假结节(Pseudoknots)从第415—499位连续缺失85 nt,但是其3A基因却未发生碱基的缺失。其VP1基因的核苷酸同源性与O/Akesu58、OMⅢ两株最高,但OT株在进化时间上要比O/Akesu58、OMIII早很多,其毒株起源和遗传衍化关系还需要进一步的关注。