检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的构建

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2015.12.015

畜牧兽医学报 ›› 2015, Vol. 46 ›› Issue (12): 2235-2242.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2015.12.015

检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的构建

滑翔¹，胡中凯¹，黄小波¹，文心田¹，曹三杰^1*，文翼平¹，伍锐¹，邓静¹，赵松¹，尹人杰²，常晓霞¹，欧阳达¹，张仙¹

(1.四川农业大学动物医学院，猪病研究中心/动物传染病与基因芯片室，成都 611130；2.崇州市农村发展局，崇州 611200）

收稿日期:2015-04-27 出版日期:2015-12-23 发布日期:2015-12-18
通讯作者: 曹三杰（1971-），男，山西乡宁人，教授，博士生导师，E-mail：csanjie@sicau.edu.cn
作者简介:滑翔（1993-），男，新疆哈密人，硕士生，主要从事动物疫病分子生物学研究，E-mail：huaxiang722@126.com。胡中凯，男，硕士生，从事动物传染病工作，在本研究设计和实施中做了重要贡献，为本文共同第一作者，E-mail：huzk1986@163.com
基金资助:
公益性行业（农业）科研专项项目（201203056）

Construction of cDNA Microarray for Detecting Porcine Epidemic Diarrhea Virus，Porcine Transmissible Gastroenteritis Virus and Porcine Rotavirus

HUA Xiang¹，HU Zhong-kai¹，HUANG Xiao-bo¹，WEN Xin-tian¹，CAO San-jie^1* ，WEN Yi-ping¹，WU Rui¹，DENG Jing¹，ZHAO Song¹，YIN Ren-jie²，CHANG Xiao-xia¹，OUYANG Da¹，ZHANG Xian¹

(1.Research Center of Swine Disease /Laboratory of Animal Infectious Disease and Microarray，College of Veterinary Medicine，Sichuan Agricultural University，Chengdu 611130，China；2.Institution of Rural Development of Chongzhou，Chongzhou 611200，China）

Received:2015-04-27 Online:2015-12-23 Published:2015-12-18
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摘要/Abstract

摘要：

猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)是三种常见的仔猪病毒性腹泻病原，作者拟构建可同时检测三种病原的cDNA基因芯片。分别根据PEDV基因（S、M）、TGEV基因（S、N）、PoRV基因（VP7、NSP4）的保守区设计引物扩增靶基因，进行PEDV-TGEV-PoRV的cDNA阵列设计，建立了扩增标记探针的多重PCR方法，并对所构建cDNA芯片的特异性、灵敏性、重复性进行了评价。确定了该cDNA芯片的阳性判断标准：SNR大于或等于2.0（或信号强度中位值大于等于1 500）。PEDV-TGEV-PoRV诊断cDNA芯片具有良好的特异性，该芯片不与猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病病毒发生交叉反应；芯片的最低检测质量浓度为20 pg•μL^-1；同一张芯片可重复使用至少7次。本研究为鉴别三种仔猪病毒性病的鉴别诊断提供了新的高通量检测技术。

关键词: 猪流行性腹泻病毒, 猪传染性胃肠炎病毒, 猪轮状病毒, cDNA芯片, 构建

Abstract:

Porcine Epidemic Diarrhea Virus(PEDV)，Transmissible Gastroenteritis Virus(TGEV) and Porcine Rotavirus(PoRV) are three common pathogenies causing piglets diarrhea.A novel cDNA microarray was necessary to be developed to simultaneous detection of three diarrheal viruses successfully.To make this possible，primers and probes were designed to amplification of target genes according to the conserved sequences of PEDV-S，PEDV-M，TGEV-S，TGEV-N，PoRV-VP7 and PoRV-NSP4.Mutiplex PCR was established for labeling target genes after designing the microarray matrix and finally evaluated the specificity，sensitivity and repeatability of microarray.The positive judgement standard of microarray was determined：SNR(Signal to Noise Ratio) ≥2.0 or median signal ≥1 500.The result showed that PRRSV，CSFV，JEV and PRV could not be detected by six probes and as few as 20 pg•μL^-1 of target plasminds were detected successfully.One microarray could be tested at least 7 times.This assay provided a novel and high throughput detecting technology to identification and detection of three diarrheal viruses.

Key words: porcine epidemic diarrhea virus, transmissible gastroenteritis virus of swine, porcine rotavirus, cDNA chip, establish

中图分类号:

滑翔，胡中凯，黄小波，文心田，曹三杰，文翼平，伍锐，邓静，赵松，尹人杰，常晓霞，欧阳达，张仙. 检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的构建[J]. 畜牧兽医学报, 2015, 46(12): 2235-2242.

HUA Xiang，HU Zhong-kai，HUANG Xiao-bo，WEN Xin-tian，CAO San-jie，WEN Yi-ping，WU Rui，DENG Jing，ZHAO Song，YIN Ren-jie，CHANG Xiao-xia，OUYANG Da，ZHANG Xian. Construction of cDNA Microarray for Detecting Porcine Epidemic Diarrhea Virus，Porcine Transmissible Gastroenteritis Virus and Porcine Rotavirus[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2015, 46(12): 2235-2242.

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检测猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪轮状病毒的cDNA芯片的构建

Construction of cDNA Microarray for Detecting Porcine Epidemic Diarrhea Virus，Porcine Transmissible Gastroenteritis Virus and Porcine Rotavirus

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