利用基因芯片分析鸡法氏囊差异表达基因

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2014.07.019

畜牧兽医学报 ›› 2014, Vol. 45 ›› Issue (7): 1162-1169.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2014.07.019

利用基因芯片分析鸡法氏囊差异表达基因

杭柏林^1,2#，桑建君^1#，钱琨¹，叶建强¹，邵红霞¹，金文杰¹，梅梅¹，缪佶¹，秦爱建^1*

（1.扬州大学兽医学院,扬州 225009；2.河南科技学院动物科学学院，新乡 453003）

收稿日期:2014-01-09 出版日期:2014-07-23 发布日期:2014-07-21
通讯作者: 秦爱建，教授，E-mail：aijian@yzu.edu.cn
作者简介:杭柏林(1978-)，男，江苏南通人，讲师，博士生，主要从事动物微生物学研究，E-mail：yzhbl001@yahoo.com.cn；桑建君(1990-)，女，江苏扬州人，硕士生，主要从事动物病原生物学研究，E-mail：287273449@qq.com。二人共为第一作者
基金资助:
江苏省优势学科(PAPD)；教育部创新团队项目(IRT0978)；江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心项目

Analysis of Differential Expression Genes in Chicken Bursa of Fabricius with Gene Expression Array

HANG Bo-lin^1,2#， SANG Jian-jun^1#， QIAN Kun¹， YE Jian-qiang¹， SHAO Hong-xia¹，JIN Wen-jie¹， MEI Mei¹， MIAO Ji¹， QIN Ai-jian^1*

(1.College of Veterinary Medicine， Yangzhou University， Yangzhou 225009， China； 2.College of Husbandry and Veterinary Medicine， Henan Institution of Science and Technology， Xinxiang 453003， China)

Received:2014-01-09 Online:2014-07-23 Published:2014-07-21

摘要/Abstract

摘要：

为了解鸡法氏囊发育过程中转录组的变化，应用鸡基因表达谱芯片对从18胚龄、10和30日龄SPF鸡法氏囊组织抽提和纯化的mRNA进行芯片杂交，对差异表达基因进行了GO功能分类和KEGG信号通路分析，并利用荧光定量PCR验证了部分差异表达基因。结果表明，法氏囊总RNA的基因检出率在79%~85%，30日龄雏鸡与18胚龄鸡胚相比、10日龄雏鸡与18胚龄鸡胚相比和30与10日龄雏鸡相比分别筛选到5 043、2 368和1 874条差异表达基因，主要涉及到结合功能、细胞组成、代谢过程、细胞加工、生物学调节等功能，一些差异表达基因参与细胞因子及其受体相互作用通路、Toll样受体(TLR)信号通路、核苷酸寡聚化域样受体(NLR)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路等。结果表明在法氏囊发育过程中，基因表达谱发生了很大变化，表明法氏囊发育是多基因参与的复杂的生物学过程，但这些差异表达基因在法氏囊的发育过程中的作用及其对法氏囊的功能的影响还有待于深入研究。

关键词: 鸡, 基因表达谱, 法氏囊, 差异表达基因

Abstract:

To investigate the dynamic changes of gene expression in chicken bursa，the total mRNA extracted from SPF chicken bursa at 18 embryo-days，10 and 30 days-old were hybridized using Agilent Chicken Genome Array.The differentially expressed genes were analyzed with gene ontology (GO) and KEGG to screen the significant signaling pathway.Several differentially expressed genes were verified with real time quantitative PCR.The results showed that the gene detection rate were 79%-85%，and 5 043，2 368 and 1 874 differential expression genes were identified when comparing chicken of 30 days-old with embryo of 18 embryos-days，chicken of 10 days-old compared with embryo of 18 embryos-days，and chicken of 30 days-old compared with chicken of 10 days-old，respectively.Differentially expressed genes were involved in binding functions，cell component，metabolic progress，cell progress，biological regulation，etc.Additionally，cytokine signaling pathway，Toll-like receptor signaling pathway，NOD-like receptor signaling pathway，and mTOR signaling pathway were also included.Gene expression profile of chicken bursa of Fabricius was successfully analyzed，and the function of differentially expressed genes need further study to understand the molecular mechanism of the development in chicken bursa of Fabricius.

Key words: chicken, gene expression profile, bursa of Fabricius, differentially expressed gene

中图分类号:

S831.2

杭柏林，桑建君，钱琨，叶建强，邵红霞，金文杰，梅梅，缪佶，秦爱建. 利用基因芯片分析鸡法氏囊差异表达基因[J]. 畜牧兽医学报, 2014, 45(7): 1162-1169.

HANG Bo-lin， SANG Jian-jun， QIAN Kun， YE Jian-qiang， SHAO Hong-xia，JIN Wen-jie， MEI Mei， MIAO Ji， QIN Ai-jian. Analysis of Differential Expression Genes in Chicken Bursa of Fabricius with Gene Expression Array[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2014, 45(7): 1162-1169.

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Analysis of Differential Expression Genes in Chicken Bursa of Fabricius with Gene Expression Array

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