羊布鲁氏菌16M基因组分泌蛋白的生物信息学分析

畜牧兽医学报 ›› 2009, Vol. 40 ›› Issue (7): 1059-1062.

羊布鲁氏菌16M基因组分泌蛋白的生物信息学分析

杨羽，吴清民*

中国农业大学动物医学院农业部人畜共患病重点开放实验室动物布病防控研究室，北京 100193

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2009-07-24 发布日期:2009-07-24
通讯作者: 吴清民

Analysis of the Secreted Protein Encoding Genes in Genome of Brucella melitensis 16M

YANG Yu, WU QingMin*

College of Veterinary Medicine, China Agricultural University, Beijing 100193，China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2009-07-24 Published:2009-07-24
Contact: WU QingMin

摘要/Abstract

摘要： 对羊布鲁氏菌全基因组16M中全部3 197个氨基酸序列进行生物信息学分析。利用SignalP和TatP软件分析N端信号肽，结果显示具有N端信号肽的序列有288个；继而用TMHMM和Phobius软件对这288个序列进行跨膜区预测，得到不含跨膜区的蛋白208个；最后利用LipoP对这208个蛋白进行分类，得到具有信号肽的蛋白191个。使用SecretomeP软件对被预测为无信号肽的蛋白质进行分析，结果显示有391个可能通过非经典途径分泌。由于分泌蛋白在细菌的致病过程中起着重要作用，而布鲁氏菌基因组编码的大多数蛋白的功能尚未确定，因此分析和预测布鲁氏菌的分泌蛋白可为更完整地、系统地研究布鲁氏菌的分子致病机理提供非常重要的信息。

关键词: 布鲁氏菌, 信号肽, 分泌蛋白

Abstract: The complete 3 197 open reading frames (ORFs) of the Brucella melitensis’s whole genome sequence has been analyzed. Among them, there are 191 proteins with Nterminal signal peptides based on the combination of prediction algorithms SignalP v30 and TatP, transmembrane domains prediction algorithms TMHMM v20 and Phobius. And there are also 391 nonsignal peptide secretion proteins based on the analyzed by SecretomeP. The functions of most of these proteins have not been identified clearly. For the important effect of secreted proteins have in bacteria pathology, the research of secreted proteins of brucella would be very useful to understand the pathogenic mechanism of brucella and to develope new methods for diagnosis.

Key words: brucella, signal peptide, secreted protein

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