畜牧兽医学报 ›› 2012, Vol. 43 ›› Issue (3): 438-445.doi:
周伦江,车勇良,陈如敬,江斌,王隆柏,魏宏,吴学敏,庄向生*
ZHOU Lunjiang, CHE Yongliang, CHEN Rujing, JIANG Bin, WANG Longbai, WEI Hong, WU Xuemin, ZHUANG Xiangsheng*
摘要: 为深入研究副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)肽聚糖相关脂蛋白(Peptidoglycanassociated lipoprotein,palA)的生物学特性,设计了一对特异性引物,应用PCR方法来扩增Hps palA的全基因序列,进行克隆和测序。采用生物信息学方法,对Hps的palA基因核苷酸及其编码氨基酸序列进行比对,选取其中的血清学5型分离株,对其PalA蛋白的分子结构、理化性质及结构功能域、蛋白质二级结构等重要参数进行了预测和分析,并对PalA蛋白的三级结构进行了同源建模。结果显示,PCR扩增出462 bp的目的片段;测序结果显示出不同血清型Hps之间palA基因核苷酸序列相似性有一定的差异,而所对应的氨基酸序列却差异很小;密码子偏爱性分析表明palA基因主要偏好GCA和AAA;PalA蛋白的理论等电点为6.28,偏弱酸性;PalA蛋白的二级结构以α螺旋、不规则卷曲和延伸链为主要构件;Hps的PalA蛋白的氨基酸序列与流感嗜血杆菌Pal蛋白的相似性为71.97%,以Pal蛋白结构为模板成功构建了Hps的PalA蛋白三维结构分子模型,该PalA蛋白三维结构与Pal蛋白相似,也含有肽聚糖结合口袋区,主要由第80位的酪氨酸(Tyr)、第39位的苯丙氨酸(Phe)和第84位的亮氨酸(Leu)组成。Hps的PalA蛋白的成功建模为PalA蛋白功能的深入研究提供了参考依据。